Défenseur de la langue néerlandaise et archiviste de la ville de Gand de 1838 à sa mort, il est l'auteur d'une œuvre considérable (poésie, histoire, essais). Il est le père du musicologueFlorimond van Duyse.
Prudens van Duyse étudia la philosophie à Gand et à Louvain. Il débuta sa vie professionnelle comme clerc de notaire à Laeken, mais il fit ensuite des études de droit à l'université de Gand où il soutint sa thèse de doctorat en 1832.
Hostile à la révolution belge, il s'exila quelque temps aux Pays-Bas. Après son retour, avec ses amis et concitoyens Léon et Gustave de Burbure de Wesembeek, il se fit remarquer à plusieurs reprises comme orangiste et échappa de justesse à une condamnation. Après 1839, il se réconcilia avec le royaume de Belgique et imagina un grand avenir pour son pays.
Prudens van Duyse composa d'abord de la poésie dite nationale, mais fit ses véritables débuts en 1829 avec le poème Lofdicht op de Nederlandsche taal. Il publia ses meilleurs poèmes dans les recueils Het Klaverblad (1848) et Nazomer (1859). Il effectua aussi des traductions depuis le latin, le vieux norrois et le vieux haut-allemand.
Van Duyse écrivit principalement de la poésie « patriotique » et des esquisses de la vie des gens de Flandre dans un style solennel et ampoulé.
Son Verhandeling over de Nederlandsche dichtbouw fut couronné en 1851. En 1860, le prix quinquennal de littérature flamande lui fut attribué à titre posthume.
En tant que cofondateur en 1836 de l'association De Tael is gansch het Volk (« La langue, c'est tout le peuple »), Prudens van Duyse donna une impulsion importante au mouvement flamand. Il prit aussi une part active aux polémiques autour de la création de la Commission de l'orthographe (1839-1842).
Il fut membre fondateur de la Vlaemsch Gezelschap (1846) et rédacteur de la revue De Eendragt (1846). La même année, il créa à Bruxelles avec Etienne Evarist Van Maldeghem la Vlaemsch-Duitsch Zangerverbond qui organisa quelques années après, à Bruxelles et à Cologne, des fêtes du chant autour de chansons flamandes et allemandes.
Enfin, Van Duyse fonda en 1849 le Nederlandsch Taal - en Letterkundig Congres.
(avec Joos Schollaert), De Vastenavondfeest te Geeraerdsberge, in: Belgisch museum voor de Nederduitsche tael- en letterkunde en de geschiedenis des vaderlands, 1837
Anneessens (1719), in: idem, 1837
De torenbrand van Mechelen, naer het latijn van L. de Meyer, in: idem, 1837
Sidronius Hosschius, in: idem, 1838
Lierzang van Sarbievius, aen de latijnsche dichters van Belgie, in: idem, 1838
De invloed des toneels op de volksbeschaving, in: idem, 1838
Rosiana Coleners, in: idem, 1838
Aen den slaep. Elegie, in: idem, 1838
Willem Becanus, in: idem, 1839
Verlof om van den steen gesneden te worden, in: idem, 1840
De wilde man te Dendermonde, in: idem, 1840
M. van Rysingen, in: idem, 1841
Ragnar Lodbrog, Yslandsche saga, in: idem, 1841
Zegezang op Lodewyk III, verwinnaer der Noordmannen ten jare 883, in: idem, 1841
Klagten der zieke poorters in het gasthuis te Gent, ten jare 1349, in: idem, 1843
Pieter-Judocus de Borchgrave, in: idem, 1844
Belgisch museum voor de Nederduitsche tael- en letterkunde en de geschiedenis des vaderlands, in: idem, 1845
Michiel de Swaen, in: idem, 1845
Kaspar Hendrik van Boekel, Jan Frans Brouwenaar, Prudens van Duyse, Frans Rens, Theodoor van Rijswijck, C.P. Serrure et F.A. Snellaert, Redevoeringen en gedichten op het graf van Willems uitgesproken, in: idem, 1846
De bekroonde Else der Gentsche Schoenmakers, in: idem, 1846
Justus Harduyn, in: idem, 1846
Pater Verhegghen, in: idem, 1846
De rederykkamer van den Heiligen Geest, te Brugge, in: idem, 1846
Levensberigt van Josef Bernard Cannaert, in: idem, 1849
Levensberigt van Norbert Cornelissen, in: Jaarboek van de Maatschappij der Nederlandse Letterkunde, 1850
Verhandeling over den Nederlandschen versbouw, 1854
De Trommelaer en eens Graven Dochter, in: De Vlaemsche zanger, 1856
Middelnederlandsche poëzie, deels hersteld, deels voor 't eerst uitgegeven door Mr Prudens van Duyse, in: Dietsche Warande, 1858
Verhandeling over den drievoudigen invloed der rederijkerskameren, voorafgegaan door een overzicht harer geschiedenis, 1861
Cat's invloed op de Vlaamsche letterkunde, 1861
De trommelaer en eens graven dochter, in: Oude en nieuwe liedjes, 1864
Werkmans-lied, in: Oude en nieuwe liedjes, 1864
De Rederijkerskamers in Nederland. Hun invloed op letterkundig, politiek en zedelijk gebied, 1900-1902
Frans De Potter, Prudens Van Duyse herdacht, Gand, 1860
Jan Micheels, Prudens van Duyse, zijn leven en zijn werken, Gand, 1893
Karel van de Woestijne, « Prudens van Duyse » dans Verzameld werk. Deel 5. Beschouwingen over literatur, P.N. van Eyck et al. (édit.), Bussum, 1949
Siegfried Bracke, « Duyse, Prudens Jan Maria van » dans Nationaal biografisch woordenboek, VIII, Bruxelles, 1979, col. 244-260
Johan Decavele, Prudens Van Duyse, 1804-1859, Termonde, 1986
Jan Pauwels, « Dichter in ballingschap? Prudens van Duyse en de Belgische omwenteling » dans Spiegel der letteren, 44 (2002), p. 148–168
Michel Nuyttens, Inventaris van het archief van en over Prudens van Duyse (1804-1859) bewaard in de KANTL te Gent, Gand, 2012
Michael Rosenfeld, « Waterloo ou le tourment national de Prudens Van Duyse, poète flamand », Cahiers de recherche des instituts néerlandais de langue et littérature française, dossier « La Chose de Waterloo ». Une bataille en littérature édité par Damien Zanone, Vol. 63, septembre 2017, p. 195-214.