Le nom de l'ordre vient du nom de la famille type Pseudodendromonadidae, composé de pseudo‑, faux, et ‑dendromonas par allusion au genre Dendromonas (algue Ochrophyte de la famille des Chromulinaceae), en raison de la ressemblance du premier organisme avec le second.
Par ailleurs Dendromonas est dérivé du grec δένδρων / dendron, « arbre », et μονασ / monas, « seul, solitaire, isolé », littéralement « monade arborescente », en référence aux ramifications en forme d'arbre de cette monade.
(en) David J. Hibberd, « Observations on the ultrastructure of new species of Pseudodendromonas Bourrelly (P. operculifera and P. insignis) and CyathobodoPetersen and Hansen (C. peltatus and C. gemmatus), Pseudodendromonadida ord. nov. », Archiv für Protistenkunde, Allemagne, vol. 129, nos 1–4, , p. 3-11 (ISSN0003-9365, e-ISSN2213-5553, DOI10.1016/S0003-9365(85)80003-8).