Le nom de la localité est attesté sous la forme Sancti Aniani en 1066[2],[3]. La paroisse était dédiée à Aignan d'Orléans, évêque du Ve siècle à qui on attribue un rôle prépondérant dans la défense contre les Huns. En ancien français, l'article défini pouvait avoir l'usage de démonstratif[4] : « Saint-Agnan, celui de Malherbe », Malherbe étant un patronyme[5].
Le conseil municipal était composé de onze membres dont le maire et deux adjoints[10]. Ces conseillers intègrent au complet le conseil municipal de Malherbe-sur-Ajon le jusqu'en 2020 et Jean-Luc Supera devient maire délégué.
En 2019, la commune comptait 127 habitants. Depuis 2004, les enquêtes de recensement dans les communes de moins de 10 000 habitants ont lieu tous les cinq ans (en 2006, 2011, 2016, etc. pour Saint-Agnan-le-Malherbe[11]) et les chiffres de population municipale légale des autres années sont des estimations[Note 1].
Au premier recensement républicain, en 1793, Saint-Agnan-le-Malherbe comptait 292 habitants, population jamais atteinte depuis.
↑Dans le tableau des recensements et le graphique, par convention dans Wikipédia, le principe a été retenu, pour les populations légales postérieures à 1999 de n’afficher dans le tableau des recensements et le graphique que les populations correspondant à l'année 2006, première population légale publiée calculée conformément aux concepts définis dans le décret no 2003-485 du 5 juin 2003, et les années correspondant à une enquête exhaustive de recensement pour les communes de moins de 10 000 habitants, ainsi que la dernière population légale publiée par l’Insee.