San Javier est un nom de lieu notamment porté par :
- San Javier, ville du département de Santa Cruz dans la province de Ñuflo de Chávez.
- San Javier ou San Javier de Loncomilla, commune et ville du Chili, dans la province de Linares, région du Maule.
- San Javier est le centre et le nom de la Comuna 13 de Medellín (département d'Antioquia) et de deux de ses quartiers : San Javier 1 et 2.
- San Javier, commune de la région de Murcie en Espagne.
- San Javier : l'une des trois paroisses civile de la municipalité de San Felipe dans l'État d'Yaracuy.