The Political Economy of Commerce: Southern India, 1500-1650, Cambridge: Cambridge University Press, 1990. Thèse de doctorat.
(ed.) Merchants, Markets and the State in Early Modern India, Delhi: Oxford University Press, 1990.
Improvising Empire: Portuguese Trade and Settlement in the Bay of Bengal, 1500-1700, Delhi: Oxford University Press, 1990.
(with V. Narayana Rao and David Shulman), Symbols of Substance: Court and State in Nayaka-period Tamil Nadu, Delhi: Oxford University Press, 1992.
The Portuguese Empire in Asia, 1500-1700: A Political and Economic History, London and New York: Longman, 1993; 2nd edn. Wiley-Blackwell, 2012.
(ed.) Money and the Market in India, 1100-1700, Delhi: Oxford University Press, (Series: Themes in Indian History), 1994.
(ed.) Merchant Networks in the Early Modern World (Series: An Expanding World, Vol. 8), Aldershot: Variorum Books, 1996.
(ed. with Kaushik Basu) Unravelling the Nation: Sectarian Conflict and India’s Secular Identity, New Delhi: Penguin Books, 1996.
(ed. with Burton Stein) Institutions and Economic Change in South Asia, Delhi: Oxford University Press, 1996.
The Career and Legend of Vasco da Gama, Cambridge: Cambridge University Press, 1997.
(ed. with Muzaffar Alam) The Mughal State, 1526-1750, Delhi : Oxford University Press (Series : Themes in Indian History), 1998.
(ed.) Sinners and Saints : The Successors of Vasco da Gama, Delhi : Oxford University Press, 1998.
Penumbral Visions: Making Polities in Early Modern South India, Delhi/Ann Arbor : Oxford University Press/University of Michigan Press, 2001.
(with Velcheru Narayana Rao and David Shulman) Textures of Time : Writing History in South India, 1600-1800, New Delhi/New York : Permanent Black/Other Books, 2001/2003.
(ed. with Claude Markovits and Jacques Pouchepadass) Society and Circulation : Mobile People and Itinerant Cultures in South Asia, 1750-1950, New Delhi : Permanent Black, 2003.
(ed.) Land, Politics and Trade in South Asia, Delhi : Oxford University Press, 2004.
Explorations in Connected History : From the Tagus to the Ganges, Delhi : Oxford University Press, 2004.
Explorations in Connected History : Mughals and Franks, Delhi : Oxford University Press, 2004.
(ed. with Kenneth McPherson) From Biography to History : Essays in the History of Portuguese Asia (1500-1800), New Delhi : TransBooks, 2006.
(with Muzaffar Alam) Indo-Persian Travels in the Age of Discoveries, 1400-1800, Cambridge : Cambridge University Press, 2007.
(ed. avec David Armitage) The Age of Revolutions in Global Context, c. 1760-1840, Basingstoke : Palgrave Macmillan, 2009.
(with Muzaffar Alam) Writing the Mughal World, Delhi/New York : Permanent Black/Columbia University Press, 2011.
Three Ways to be Alien: Travails and Encounters in the Early Modern World, (Menahem Stern Jerusalem Lectures), Waltham (Mass.) : Brandeis University Press, 2011.
Courtly Encounters: Translating Courtliness and Violence in Early Modern Eurasia (Mary Flexner Lectures), Cambridge (Mass.) : Harvard University Press, 2012.
Is 'Indian Civilization' a Myth? : Fictions and Histories, Ranikhet : Permanent Black, 2013.
(Co-éditeur) The Cambridge World History, Vol. VI : The Construction of a Global World, 1400-1800 CE, Books 1 & 2, Cambridge : Cambridge University Press, 2015.
(ed. with Henning Trüper and Dipesh Chakrabarty) Historical Teleologies in the Modern World, London : Bloomsbury, 2015
Empires Between Islam and Christianity, 1500-1800, New York : State University of New York Press, 2019.
L'Empire portugais d'Asie, 1500-1700 : histoire politique et économique, [« The Portuguese Empire in Asia, 1500-1700: A Political and Economic History »], trad. de Marie-José Capelle, Paris, Éditions Maisonneuve & Larose, coll. « Monde asiatique », 1999, 385 p. (ISBN978-2-7068-1252-1)
Textures du temps : écrire l'histoire en Inde, [« Textures of Time : Writing History in South India, 1600-1800 »], avec V. N. Rao, D. Shulman, trad. de Marie Fourcade, Paris, Éditions du Seuil, coll. « Librairie du XXIe siècle », 2004, 384 p. (ISBN978-2-02-048103-8)
Vasco de Gama : légende et tribulations du vice-roi des Indes, [« The Career and Legend of Vasco da Gama »], trad. de Myriam Dennehy, Paris, Alma Éditeur, coll. « Essai Histoire », 2012, 487 p. (ISBN978-2-36279-030-0)
Comment être un étranger : Goa, Ispahan, Venise, (XVIe-XVIIIe siècles) [« Three Ways to be Alien »], trad. de Myriam Dennehy, Paris, Alma Éditeur, coll. « Essai Histoire », 2013, 345 p. (ISBN978-2-36279-068-3)
Aux origines de l'histoire globale : leçon inaugurale du Collège de France, Paris, Fayard, , 62 p. (ISBN978-2-213-68150-4)
Leçons indiennes : itinéraires d'un historien (Delhi, Lisbonne, Paris, Los Angeles) [« Is 'Indian Civilization' a Myth? : Fictions and Histories »] (trad. de l'anglais par Jacques Dalarun), Paris, Alma Éditeur, coll. « Essai Histoire », , 353 p. (ISBN978-2362791390)
L'éléphant, le canon et le pinceau : Histoires connectées des cours d'Europe et d'Asie. 1500-1750 [« Explorations in Connected History »] (trad. de l'anglais par Béatrice Commengé), Paris, Alma Éditeur, , 365 p. (ISBN978-2-36279-187-1)
L'Inde sous les yeux de l'Europe : Mots ⋅ Peuples ⋅ Empires (trad. de l'anglais par Johanna Blayac), Paris, Alma Éditeur, , 496 p. (ISBN978-2-36279-270-0)
Faut-il universaliser l'histoire ? Entre dérives nationalistes et identitaires (trad. de l'anglais par Patrick Galliou), Paris, CNRS Éditions, 2020, 132 p.
Empires entre islam et chrétienté : 1500-1800 [« Empires Between Islam and Christianity, 1500-1800 »] (trad. de l'anglais par Johanna Blayac), Paris, Buchet-Chastel, , 592 p. (ISBN978-2-283-03378-4)
Les Peuples de l'Orient au milieu du XVIe siècle : Le Codex 1889 de la Bibliothèque Casanatense de Rome, Paris : Chandeigne, 2022.