Shigella flexneri est une espèce de bactéries en forme de tige du genre Shigella, responsable d'une shigellose. Son nom a été donné pour rendre hommage à Simon Flexner qui a isolé la bactérie dans les selles d'un malade.
Quinze sérotypes ont été décrits, dépendant du type de lipopolysaccharide O[1], plusieurs ayant une immunogénicité croisée[2]. Les souches sont endémiques dans certaines régions, avec acquisition d'une résistance aux antibiotiques mais avec peu d'extension géographique[3].
Elle est responsable des deux-tiers des shigelloses en Afrique et en Asie[5]. La transmission se fait par contamination fécale mais elle peut être par voie sexuelle (sérotype 3a chez les homosexuels hommes[6]).