Née en Pologne dans une famille d'origine juive, elle effectue ses études de médecine à Zurich à partir de 1906[1]. Elle soutient en 1912 une thèse de médecine intitulée Sur quelques éléments minéraux des glandes thyroïdes[2]. Elle est médecin assistant à partir de 1915 à la clinique du Burghölzli dirigée par Eugen Bleuler[3] puis s'installe en France vers 1924[1]. Elle est analysée par Eugénie Sokolnicka, première femme psychanalyste en France[2]. À partir de 1925, elle travaille bénévolement à la clinique annexe de neuropsychiatrie infantile, dirigée par Georges Heuyer[1]. Elle initie et forme Serge Lebovici[4] et surtout Françoise Dolto à la psychanalyse des enfants[5]. Pionnière de la psychanalyse des enfants en France, elle prend position pour Anna Freud dans le conflit d'idées qui oppose celle-ci à Melanie Klein, considérant que l'analyse doit être réservée aux enfants névrosés[1]. Elle utilise le dessin dans son travail avec les enfants, et théorise cette utilisation dès sa première publication, en 1927, de l'article « Un cas de mutisme psychogène », ainsi que la libre association et le rêve avec les enfants plus âgés[1]. Elle épouse Abraham Morgenstern dont elle reste veuve, avec une fille, qui meurt des suites d'une intervention chirurgicale, sans doute en 1937[1].
Sophie Morgenstern se suicide le , la veille de l'entrée des nazis dans Paris[2]. Les témoignages mettent en lien son geste et sa douleur de la disparition de sa fille, « bien peu parlent à ce moment de sa condition d'émigrée juive »[1].
« La psychanalyse infantile et son rôle dans l'hygiène mentale », Revue française de psychanalyse, 1930, no 4 (1), p. 136-162
« Quelques aperçus sur l'expression du sentiment de culpabilité dans les rêves des enfants », Revue française de psychanalyse, 1933, no 6 (2), p. 155-174.
« La pensée magique chez l'enfant », Revue française de psychanalyse, 1934, vol. VII, no 1, p. 99-115, sur histoiredelafolie.fr, [lire en ligne]
Psychanalyse infantile (symbolisme et valeur clinique des créations imaginatives chez l'enfant), Paris, Denoël, 1937.
« Contribution au problème de l'hystérie chez l'enfant », in L'Évolution psychiatrique , 1937, no 7, p. 3-33.
« Le symbolisme et la valeur psychanalytique des dessins infantiles », in Revue française de psychanalyse, 1939, no 11 (1), p. 39-48.
Œuvres complètes, vol. 1-3: Psychanalyse infantile; La structure de la personnalité et ses déviations; Articles et contributions à la Revue française de psychanalyse, Paris, Tchou/Bibliothèque des Introuvables, 2004 (ISBN2845751168) (ISBN2845751176)
↑Jean-Pierre Bourgeron: Marie Bonaparte et la psychanalyse. À travers ses lettres à René Laforgue et les images de son temps, Paris, Champion-Slatkine, 1993, (ISBN2051009090)
↑Marie Bienne, « « Les enfants terribles ». La psychiatrie infantile au secours de la famille : la consultation du professeur Georges Heuyer en 1950 », Revue d'histoire de l'enfance « irrégulière », no 6, , p. 69-91 (lire en ligne, consulté le ).
↑Dominique Fessaguet, « De Sophie Morgenstern l'oubliée à Françoise Dolto la tapageuse », Topique, no 115, , p. 79–82 (ISSN0040-9375, lire en ligne, consulté le )