La synaptophysine est une protéine de la famille des glycoprotéines. Elle est utilisée en histochimie pour l'immunomarquage. Elle est en effet exprimée par les tumeurs neuroendocrines — cancer bronchique à petites cellules, phéochromocytome, tumeur carcinoïde, gastrinome (en)… — et permet leur identification. Son gène est le SYP situé sur le chromosome X humain.