São José do Xingu est une ville et une municipalité de l'état du Mato Grosso au Brésil.
La population était de 4218 habitants en 2009[1].
Le , un Boeing 737 de la Varig s'est écrasé à environ 60 km[2] de São José do Xingu ; à la suite d'une erreur de navigation du pilote qui s'est trompé de cap, l'avion s'est écrasé dans la forêt amazonienne à court de carburant. Il y a eu 13 victimes, et les survivants n'ont été retrouvés que 48 heures après le crash.