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L'université fut fondée en 1963 et reconnue officiellement en 1964[3], à l’initiative des missionnaires protestants.
Elle s'appela successivement université libre du Congo (1963-1970), université nationale du Zaïre / Campus de Kisangani (1971-1980) et finalement université de Kisangani (1981 à nos jours)[4].
L'université de Kisangani (UNIKIS) a été créée par l’ordonnance-loi no 81-144 du , et gérée par l’État congolais. L'université a un statut d'établissement public d'enseignement Universitaire à caractère scientifique jouissant d'une personnalité juridique et soumis à la tutelle du ministère de l'Enseignement supérieur et universitaire[5].
Érigée sur une surface d’environ 132 hectares, l’université de Kisangani est à un kilomètre du centre-ville du côté Ouest et à une centaine de mètres au nord du fleuve Congo. Elle est considérée comme troisième université du pays après l’université de Kinshasa et l'université de Lubumbashi[réf. nécessaire].
Comme les deux autres universités d’État que les réformateurs de 1981 ont aussi érigé en établissements publics, deux missions ont été assignées à l'université de Kisangani, à savoir :
la formation des cadres de conception dans les domaines les plus divers de la vie nationale;
la recherche scientifique fondamentale et appliquée orientée vers la solution des problèmes spécifiques de la république démocratique du Congo, compte tenu de l'évolution de la science, des techniques et de la technologie dans le monde contemporain.
L'université de Kisangani dispose de différents centres de recherches: le Centre de recherche interdisciplinaire pour le développement de l'éducation (CRIDE), l'Institut de recherches sociales appliquées (IRSA), le Centre de surveillance de la biodiversité (CSB).
L'université de Kisangani compte différentes entités y étant rattaché, les Cliniques Universitaires de Kisangani (CUK), le Centre de Santé de l'Unikis, le Groupe scolaire de l'Unikis et l'Institut des techniques médicales de l'Unikis (ITM/UNIKIS)