Werner Baumann est né le 6 octobre 1962 à Krefeld, en Allemagne[2]. Il est le premier de sa famille à fréquenter l'université, étudiant l'économie à l'Université RWTH d'Aix-la-Chapelle et à l'Université de Cologne[2]. Il choisit de travailler chez Bayer, pensant qu'il pourrait y terminer son doctorat[3].
Il commence à travailler pour Bayer en 1988, dans le département financier, puis comme assistant dans la division commerciale espagnole de Bayer[3]. Il gravit les échelons et occupe le poste de directeur financier[4] et de directeur de la stratégie. En tant que chef de la stratégie, il joue un rôle clé dans l'acquisition de Schering par Bayer AG en 2006[5],[6].
En février 2016, il est annoncé comme le prochain PDG de Bayer, succédant à Marijn Dekkers(en)[7],[8]. La même année, il lance une offre publique d'achat (à hauteur de 62 milliards de dollars américains) sur Monsanto, une entreprise semencière et agrochimique américaine controversée[9]. L'acquisition a duré plus de 20 mois et a été finalisée le 7 juin 2018. À la suite de la fusion des deux compagnies, Bayer n'a pas souhaité conserver le nom Monsanto[10]. Les pertes pour les investisseurs de Bayer atteignent des dizaines de milliards d'euros deux ans seulement après l'acquisition. Son poste de PDG de Bayer est renouvelé en 2020 jusqu'en 2024[11],[12],[13]. Toutefois, en 2023, l'investisseur Bayer DekaBank(en) demande et obtient son remplacement[14].