Alors qu'il est professeur à l'université de Fribourg (Suisse), il y fonde la revue Anthropos en 1906, toujours publiée. Il a été un grand pourfendeur de la psychanalyse au nom de l'Église catholique à cause de son pansexualisme et de l'attaque à la famille chrétienne que l'œuvre de Sigmund Freud recelait selon lui.
Il est surtout célèbre pour avoir entrepris d'immenses et savantes recherches ethnologiques et anthropologiques mettant en valeur un monothéisme primitif à l'origine de l'humanité, précédant sa dégradation postérieure en polythéismes.
Ce monothéisme primitif serait pour lui en relation avec une révélation primitive du Dieu unique à l'humanité par-delà Eve et Adam.
Il fut le principal acteur, avec Mgr Le Roy, d'une ethnologie catholique réagissant et contestant une histoire des religions laïque et d'une ethnologie positiviste et évolutionniste.
Ses travaux sont aujourd'hui considérés comme dépassés par la science des religions.[Par qui ?]
(de) F. Bornemann, « Urreligion und Uroffenbarung bei P.W. Schmidt », in Anthropos, 1979, vol. 74, n° 1-2, p. 6-10
(de) Walter Gronemann, « Schmidt, Wilhelm », in Hans Bohrmann (dir.), Biographien bedeutender Dortmunder. Menschen in, aus und für Dortmund, Dortmund, Ruhfus, 1994, p. 131 et suiv.
(de) Joseph Henninger, « P. Wilhelm Schmidt S. V. D. : 1868-1954, eine biographische Skizze », in Anthropos, 1956, n° 51, p. 20-60
(en) Ernest Brandewie, When giants walked the earth : the life and times of Wilhelm Schmidt, SVD, Fribourg (Suisse), 357 p. (ISBN3-7278-0712-1)
(en) H. Zimon, « Wilhelm Schmidt's Theory of Primitive Monotheism and its Critique within the Vienna School of Ethnology », in Anthropos, 1986, vol. 81, n° 1-3, p. 243-260
(fr) Patrick de Laubier, « Wilhelm Schmidt, pionnier de la sociologie des religions », in Revue suisse de sociologie (Zurich), vol. 20, 1994, n° 1, p. 257-262
(it) Franco Demarchi (dir.), Wilhelm Schmidt un etnologo sempre attuale, EDB Centro editoriale Dehoniano, Bologne, 1989, 251 p. (ISBN88-10-40364-9)