De 1970 à 1974, il est directeur de l'Institut de philologie romane de l'université Jagellonne où il enseigne depuis 1954. Nommé professeur en 1971, il y exerce cette activité jusqu'en 1994.
Il a traité notamment dans ses recherches des thématiques suivantes :
le critère de vérité en linguistique et dans les sciences humaines en général : réflexion sur la part de subjectivité du chercheur comparée à des données objectives. Par exemple, beaucoup de publications s'appuient sur l'autorité de publications antérieures plutôt que sur des méthodes statistiques et mathématiques ;
le nom propre : pour Mańczak, les noms propres ne sont pas traduisibles à l'instar de Varsovie, Warsaw ou Warschau, qui ne sont que l'adaptation phonétique de « Warszawa » alors que les noms communs sont facilement traduits : par exemple, le français « ville » équivaut à « miasto » en polonais, « Stadt » en allemand ou « town » en anglais. Mańczak conteste la définition habituelle selon laquelle les noms propres seraient individuels et se référeraient à des signifiés spécifiques alors que les noms communs se rapportent à de nombreux éléments. Par exemple, Witold est un prénom que portent beaucoup de gens, tout comme les noms de famille Li, Smith, Lopez, Martin ou Dupont sont portés par des milliers voire des millions de personnes ;
l'essence des affinités entre langues : Mańczak conteste l'idée répandue que « la parenté linguistique ne se manifeste pas dans le vocabulaire, mais dans la grammaire » ; pour lui, le degré de parenté relève plus du lexique que de la phonétique ou des déclinaisons ;
le développement analogique : l'auteur récuse les lois de développement analogique formulées par Jerzy Kuryłowicz et préfère formuler ses propres lois, fondées sur des données statistiques.
Outre ses travaux en linguistique générale, il a publié d'importants travaux de linguistique indo-européenne, romane, germanique, balte et slave. Il a étudié la genèse des peuples indo-européens puis des peuples ou nations roman, germanique et slave. Il a publié de nombreux ouvrages dans lesquels il a présenté des arguments de poids en faveur de l'ethnogenèse indigène des Slaves.
Il est l'auteur de plus de 950 publications, dont 24 livres. On peut citer :
La classification des langues romanes, Cracovie, Universitas, 1991 (ISBN978-83-7052-032-8)
De la préhistoire des peuples indo-européens, Cracovie 1992, Nakładem Uniwersytetu Jagiellońskiego (Presses de l'université Jagellonne), (ISBN83-233-0512-9).
Jerzy Treder(pl), postface. « Witold Mańczak jako badacz kaszubszczyzny », [in] O pochodzeniu i dialekcie Kaszubów, Gdańsk 2002, Oficyna Czec, (ISBN83-87408-47-6), s. 117-121 (biographie, œuvres).
Opera maiora et minora Witoldi Mańczak/ Travaux publiés par Witold Mańczak, [in] Munus Amicitiae. Studia linguistica in honorem Witoldi Mańczak septuagenarii, edenda curaverunt Anna Bochnakowa et Stanisław Widłak, Cracoviae 1995, s. IX-XXIX. (liste des publications de Witold Mańczak jusqu'en 1995).