Elle commence alors à publier des essais et courtes nouvelles publiées dans The New Yorker[5], The Paris Review ainsi que Zoetrope : All-Story.
Elle publie en 2005 un recueil de nouvelles, Un millier d'années de bonnes prières, alors très bien reçu par la critique américaine et adapté en film[6],[7].
Son premier roman sort ensuite en 2007 sous le nom Un beau jour de printemps (titre original : The Vagrants), traduit dans une vingtaine de langues et acclamé par la presse, il raconte l'histoire d'un village de campagne chinoise nommé Rivière Fangeuse en 1979, et notamment la mise à mort d'une ancienne garde rouge condamnée pour trahison envers le parti communiste. L'auteur explique dans son essaiCher ami, de ma vie je vous écris dans votre vie s'être rendue à Baishan, l'actuelle Rivière Fangeuse, peu après la sortie de ce livre.
Sortent ensuite Plus doux que la solitude (2014), Cher ami, de ma vie je vous écris dans votre vie (2017), La douceur de nos champs de bataille (2019) et Must I Go (2020).
C'est pendant son séjour à l'hôpital qu'elle écrira Cher ami, de ma vie je vous écris dans votre vie, un essai dans lequel elle raconte certains moments marquants de sa vie, notamment son changement d'orientation de la médecine vers la littérature, ainsi que des réflexions personnelles sur la vie.
Son livre La douceur de nos champs de bataille, sorti en 2019, sort peu après le suicide de son fils ainé.
Ce livre est un ensemble de conversations fictives qu'Yiyun Li s'imagine avoir avec celui-ci, ainsi que ses interrogations sur ce passage à l'acte auquel l'auteure a elle-même déjà survécu.
- traduit en français sous le titre Un millier d'années de bonne prières par Françoise Rose, Paris, Éditions Belfond, coll. « Littérature étrangère », 2011, 296 p. (ISBN978-2-7144-4547-6)
The Vagrants, roman, 2009
- traduit en français sous le titre Un beau jour de printemps par Françoise Rose, Paris, Éditions Belfond, coll. « Littérature étrangère », 2010, 441 p. (ISBN978-2-7144-4537-7)
Gold Boy, Emerald Girl, nouvelles, 2010
Kinder Than Solitude, roman, 2014
- traduit en français sous le titre Plus doux que la solitude par Françoise Rose, Paris, Éditions Belfond, coll. « Littérature étrangère », 2010, 347 p. (ISBN978-2-7144-5107-1)
Dear Friend, from My Life I Write to You in Your Life, mémoires, 2017
- traduit en français sous le titre Cher ami, de ma vie je vous écris dans votre vie par Clément Baude, Paris, Éditions Belfond, coll. « Littérature étrangère », 2018, 224 p. (ISBN978-2-7144-7836-8)
Where Reasons End, roman, 2019
- traduit en français sous le titre La douceur de nos champs de bataille par Clément Baude, Paris, Éditions Belfond, coll. « Littérature étrangère », 2019, 157 p. (ISBN978-2-7144-8114-6)
Must I Go, roman, 2020 - traduit en français sous le titre Partir quand même par Clément Baude, Paris, Éditions Belfond, coll. « Littérature étrangère », 2023, 378 p. (ISBN978-2-7144-8157-3)
The Book of Goose, roman, 2023 (non traduit en français)