ADN antigo

ADN extraído dun fígado de 4000 anos de antigüidade dun antigo sacerdote exipcio.

O ADN antigo (ADNa ou aDNA) é o ADN que se illa de espécimes biolóxicos antigos.^[1][2] Debido aos procesos de degradación que sofre o ADN (como a formación de enlaces cruzados, desaminación e fragmentación) o ADN antigo é de baixa calidade comparado con material xenético fresco moderno.^[3] Mesmo nas mellores condicións para a preservación, hai un límite de antigüidade de 0,4-1,5 millóns de anos para as mostras, por debaixo do cal conteñen ADN suficiente como para aplicarlle as tecnoloxías de secuenciación contemporáneas.^[4] Recuperouse material xenético de material esquelético e arqueolóxico histórico, tecidos de momias, coleccións de arquivos de espécimes médicos non conxelados, restos de plantas consevados, núcleos de xeo e do permafrost e de sedimentos mariños e lacustres.

Historia dos estudos sobre ADN antigo

Década de 1980

O primeiro estudo do que se chamaría ADNa realizouse en 1984 cando Russ Higuchi e colegas na Universidade de California, Berkeley informaron de que detectaran trazas de ADN nun espécime de museo de cebra quagga que non só estaban conservados 150 anos despois da morte do espécime, senón que puideron ser extraídos e secuenciados.^[5] Nos seguintes dous anos, facendo investigacións en espécimes momificados por causas naturais ou artificiais, Svante Pääbo confirmou que este fenómeno non estaba limitado a espécimes de museo relativamente recentes, senón que podía ser replicado en diversas mostras humanas momificadas de varios miles de anos de antigüidade.^[6]

O laborioso proceso que había que seguir naquela época para secuenciar estes ADN (por medio de clonación bacteriana) era un freo efectivo para o desenvolvemento do campo do ADN antigo. Porén, coa aparición da técnica da reacción en cadea da polimerase (PCR) a finais da década de 1980, esta área empezou a progresar rapidamente.^[7][8] A amplificación por PCR de dobre cebador dun ADNa (jumping-PCR) pode producir artefactos de secuencia nesgados e non auténticos. Recorreuse a unha estratexia de PCR aniñada de múltiples cebadores para superar aquelas limitacións.

Década de 1990

Na era post-PCR houbo unha vaga de publicacións a medida que numerosos grupos de investigadores se dedicaron a estudar o ADNa. Axiña, publicáronse unha serie de incribles descubrimentos, que afirmaban ter extraído auténtico ADNa de espécimes de millóns de anos de antigüidade, ao que Lindahl (1993b) denominou ADN antediluviano.^[9] A maioría desas afirmacións estaban baseadas na recuperación de ADN de organismos preservados en ámbar. Extraéronse secuencias de insectos como as abellas sen ferrete,^[10] térmites,^[11] e dípteros,^[12] plantas^[13] e bacterias^[14] preservados en ámbar dominicano que databan do Oligoceno. De fontes aínda máis antigas de gurgullos incluídos en ámbar libanés que databan do Cretáceo, obtívose tamén ADN auténtico.^[15] Pero a recuperación de ADN non estaba limitada ao ámbar.

Varios restos de plantas conservadas nos sedimentos que datan do Mioceno foron tamén investigados con éxito.^[16] Despois, en 1994 e Woodward et al. informaron dos resultados máis excitantes ata ese momento:^[17] as secuencias de citocoromo b mitocondrial que aparentemente foran extraídas de ósos de dinosauro de 80 millóns de anos de antigüidade. Cando en 1995 outros dous estudos informaron de secuencias de ADN extraídas de ovos de dinosauros do Cretáceo,^[18] parecía que esta rama da ciencia ía revolucionar o coñecemento da evolución na Terra no pasado. Isto culminou coa recuperación de secuencias de halobacterias de hai 250 millóns de anos conservaas en halita.^[19][20]

A secuenciación de xenoma completo empezou a producir resultados en 1995.

Década do 2000

A amplificación por extensión de cebador único (abeviada SPEX) presentouse en 2007 para estudar danos por modificacion do ADN postmortem.^[21]

A revolución do ADN antigo

Desde 2009 o campo dos estudos sobre o ADNa sufriu unha revolución coa introdución de técnicas de investigación moito máis baratas, que serviron para comprender mellor as migracións humanas antigas.^[22]

Problemas e erros

Proceso de degradación

Debido a procesos de degradación (como a formación de enlaces cruzados, desaminación e fragmentación) o ADN antigo é de baixa calidade en comparación con material xenético moderno fresco.^[3] Os danos caracterísitcos e a capacidade do ADNa de sobrevivir ao paso do tempo restrinxe as posibles análises que se poden facer e os lugares onde se pode encontrar a un límite superior de antigüidade para que os traballos coas mostras teñan éxito^[23]. Hai unha correlación teórica entre o tempo que pasou e a degradación do ADN,^[24] aínda que as diferenzas nas condicións ambientais nas que se conservaron as mostras complican as cousas. As mostras sometidas a diferentes condicións é improbable que se alineen ben cunha relación uniforme idade-degradación.^[25] Os efectos ambientais poden incluso ser importantes despois do desenterramento da mostra, xa que a velocidade de degradación do ADN pode incrementarse,^[26] especialmente cando as condicións de almacenamento foron cambiantes.^[27] Mesmo nas mellores condicións de preservación, nai unha fronteira límite superior de 0,4 a 1,5 millóns de anos para unha mostra para que poida conter ADN dabondo como para poder aplicar as tecnoloxías de secuenciación contemporáneas.^[4]

As investigacións sobre a descomposición do ADN mitocondrial e ADN nuclear en ósos de moas neozelandesas serviron para facer un modelo da degradación do ADN mitocondrial cunha media de lonxitude de 1 par de bases degradado cada 6 830 000 anos a −5 °C.^[28] A cinética da degradación foi medida en experimentos de envellecemento acelerado que tamén mostaron a forte influencia da temperatura e humidade de almacenamento sobre a degradación do ADN.^[29] O ADN nuclear degrádase polo menos dúas veces máis rápido que os ADNmt. Entón, nos primeiros estudos que informaron do descubrimento de ADN moito máis antigo, por exemplo de restos de dinosauros do Cretáceo, ese ADN poden tamén proceder da contaminación da mostra.

Límite de idade

Unha revisión fundamental da literatura sobre o ADN antigo desde o inicio do desenvolvemento deste campo salienta que houbo poucos estudos posteriores a 2002 que tivesen éxito en amplificar ADN de restos de antigüidade superior a uns poucos centos de miles de anos.^[30] Unha maior ponderación dos riscos da contaminación ambiental e estudos sobre a estabilidade química do ADN tiveron como resultado un maior escepticismo sobre os resultados dos que se informara anteriormente. O ADN que pretendía ser de dinosauro revelouse posteriormente ser ADN contaminante do cromosoma Y humano,^[31] mentres que o ADN que se informara que se extraera de halobacterias encapsuladas foi tamén criticado pola súa grande semellanza co de bacterias modernas, o cal apunta a unha posible contaminación.^[32] Un estudo de 2007 tamén suxire que estas mostras de ADN bacteriano pode que non sobreviviran desde tempos tan antigos, senón que poderían ser o produto da actividade metabólica de baixo nivel a longo prazo.^[33]

O ADNa pode conter un gran número de mutacións postmortem, que se incrementan co tempo. Algunhas rexións de polinucleótidos son máis susceptibles a este degradación, polo que os datos de secuencias poden sortear os filtros estatísticos usados para comprobar a validez dos datos.^[34] Debido a erros de secuenciación, debe terse moito coidado ao interpretar o tamaño de poboación.^[35] As substitucións causadas por residuos de citosina con desaminación están enormemente sobrerrepresentados nas secuencias de ADN antigo. As codificacións incorrectas de C por T e G por A supoñen a maior parte dos erros.^[36]

Contaminación

Outros problemas coas mostras do ADN antigo é a contaminación por ADN humano moderno e por ADN microbiano (a maioría do cal é tamén antigo).^[37][38] Xurdiron novos métodos nos últimos anos para impedir as posibles contaminacións das mostras de ADN, incluíndo as extraccións realizadas en condicións extremadamente estériles, usando adaptadores especiais para identificar moléculas endoxenas da mostra (daquelas que se puideron introducir durante a análise), e aplicando a bioinformática ás secuencias resultantes baseadas en lecturas coñecidas.^[39]

ADNa non humano

Malia os problemas asociados co ADN 'antediluviano', foron publicados un amplo e crecente número de secuencias de ADNa de diversos taxons animais e vexetais. Os tecidos examinados inclúen restos animais momificados de forma natural ou artificial,^[5][40] ósos (c.f. Hagelberg et al. 1989; Cooper et al. 1992; Hagelberg et al. 1994),^[41] paleofeces,^[42][43] espécimes conservados en alcohol (Junqueira et al. 2002), xacementos de roedores,^[44] restos de plantas secas (Goloubinoff et al. 1993; Dumolin-Lapegue et al. 1999) e recentemente, extraccións de ADN de plantas e animais directamente de mostras de solo.^[45]

En xuño de 2013, un grupo de investigadores anunciou que secuenciaran o ADN dun cabalo de 560 a 780 miles de anos de antigüidade, usando material extraído dun óso dunha pata atopado enterrado no permafrost do territorio canadense de Yukón.^[46]

En 2013, un equipo alemán reconstruíu o xenoma mitocondrial dun oso Ursus deningeri de máis de 300 000 anos de antigüidade, o que proba que pode conservarse ADN antigo auténtico durante centos de miles de anos fóra do permafrost.^[47]

En 2016 mediuse o ADN cloroplástico en núcleos de sedimentos mariños, e atopouse ADN de 1,4 millóns de anos.^[48] Este ADN tiña unha vida media significativamente máis longa que o de investigación previas, de ata 15 000 anos. O equipo de Kirkpatrick tamén encontrou que o ADN só se degradaba cunha taxa de vida media duns 100 mil anos, e a partir dese punto seguía unha taxa de degradación máis lenta.^[48]

ADNa humano

Debido ao considerable interese antropolóxico, arqueolóxico e do público nos restos humanos antigos, estes recibiron moita atención dos investigadores do ADN.

Fontes

Debido á boa conservación morfolóxica en momias, moitos estudos das décadas de 1990 e 2000 utilizaron tecidos momificados como fonte de ADN humano antigo. Exemplos son tanto espécimes preservados de forma natural, por exemplo, os que se conservaron en xeo, como Ötzi (Handt et al. 1994), ou por desecamento rápido, como as momias de grande altitude dos Andes (c.f. Pääbo 1986; Montiel et al. 2001), coma de diversas fontes de tecidos conservados artificialmente (como as momias tratadas quimicamente do Antigo Exipto).^[49] Porén, os restos momificados son unha fonte limitada. A maioría dos estudos de ADNa humano enfocáronse ao ADN extraído de dúas fontes que son moito máis comúns no rexistro arqueolóxico: ósos e dentes. Outras fontes que tamén proporcionaron ADN son as paleofeces (Poinar et al. 2001) e cabelos (Baker et al. 2001, Gilbert et al. 2004). A contaminación segue a ser o principal problema cando se traballa con material humano antigo.

Obtívose con éxito ADN de patóxenos antigos de mostras humanas que datan de hai máis de 5 000 anos e doutras especies de máis de 17 000 anos. Ademais das fontes usuais de tecido momificado, ósos e dentes, eses estudos examinaron tamén outras mostras de tecidos, como as pleuras calcificadas (Donoghue et al. 1998), tecidos incrustados en parafina,^[50][51] e tecidos fixados en formol.^[52] Desenvolvéronse ferramentas computacionais eficientes para facer análises de ADNa de patóxenos e microorganismos como nun pequeno (QIIME) e nun (FALCON) de grande escala.^[53]

Resultados

Tomando medidas preventivas no procedemento seguido para evitar a contaminación, un estudo de 2012 analizou mostras de ósos dun grupo Neanderthal da cova de El Sidrón (Asturias), que proporcionou novos coñecementos sobre o posible parentesco e diversidade xenética a partir dese ADNa.^[54] En novembro de 2015, informouse do descubrimento dun dente de hai 110 000 anos que contiña ADN dun hominino denisovano, unha especie extinguida de humanos do xénero Homo.^[55][56]

A investigación engadiu máis complexidade ao poboamento de Eurasia. Tamén se revelou nova información sobre as ligazóns entre os devanceiros dos asiáticos centrais e os pobos indíxenas das Américas. En África, o ADN máis vello degrádase rapidamente debido ao clima tropical máis cálido, aínda que, en setembro de 2017, informouse de mostras de ADN antigas dunha antigüidade de 8 100 anos.^[57]

Investigadores especializados no ADN antigo

• Alan Cooper
• Joachim Burger
• M. Thomas P. Gilbert
• Johannes Krause
• Svante Pääbo
• Hendrik Poinar
• David Reich
• Beth Shapiro
• Mark G. Thomas
• Eske Willerslev

Notas

1. Pevsner 2015.
2. Jones 2016.
3. Allentoft, M.E. et al., 2012. The half-life of DNA in bone: measuring decay kinetics in 158 dated fossils. Proceedings of the Royal Society of London B: Biological Sciences, 279, pp.4724–4733.
4. Willerslev, E. et al., 2004. Long-term persistence of bacterial DNA. Current biology: CB, 14(1), pp.9–10.
5. Higuchi R; Bowman B; Freiberger M; Ryder OA; Wilson AC (1984). "DNA sequences from the quagga, an extinct member of the horse family". Nature 312 (5991): 282–4. Bibcode:1984Natur.312..282H. PMID 6504142. doi:10.1038/312282a0. 
6. Pääbo 1985a; Pääbo 1985b; Pääbo 1986
7. Mullis KB; Faloona FA (1987). "Specific synthesis of DNA in vitro via a polymerase-catalyzed chain reaction". Meth. Enzymol. Methods in Enzymology 155: 335–50. ISBN 978-0-12-182056-5. PMID 3431465. doi:10.1016/0076-6879(87)55023-6. 
8. Saiki RK, Gelfand DH, Stoffel S, et al. (xaneiro de 1988). "Primer-directed enzymatic amplification of DNA with a thermostable DNA polymerase". Science 239 (4839): 487–91. Bibcode:1988Sci...239..487S. PMID 2448875. doi:10.1126/science.2448875. 
9. Lindahl 1993b
10. Cano et al. 1992a; Cano et al. 1992b
11. De Salle et al. 1992; De Salle et al. 1993
12. De Salle and Grimaldi 1994
13. Poinar et al. 1993
14. Cano et al. 1994
15. Cano et al. 1993
16. Golenberg et al. 1990; Golenberg 1991
17. Woodward SR; Weyand NJ; Bunnell M (novembro de 1994). "DNA sequence from Cretaceous period bone fragments". Science 266 (5188): 1229–32. Bibcode:1994Sci...266.1229W. PMID 7973705. doi:10.1126/science.7973705. 
18. An et al. 1995; Li et al. 1995
19. Vreeland RH; Rosenzweig WD; Powers DW (outubro de 2000). "Isolation of a 250 million-year-old halotolerant bacterium from a primary salt crystal". Nature 407 (6806): 897–900. Bibcode:2000Natur.407..897V. PMID 11057666. doi:10.1038/35038060. 
20. Fish SA; Shepherd TJ; McGenity TJ; Grant WD (maio de 2002). "Recovery of 16S ribosomal RNA gene fragments from ancient halite". Nature 417 (6887): 432–6. Bibcode:2002Natur.417..432F. PMID 12024211. doi:10.1038/417432a. 
21. Brotherton, P; Endicott, P; Sanchez, Jj; Beaumont, M; Barnett, R; Austin, J; Cooper, A (2007). "Novel high-resolution characterization of ancient DNA reveals C > U-type base modification events as the sole cause of post-mortem miscoding lesions" (Free full text). Nucleic Acids Research 35 (17): 5717–28. ISSN 0305-1048. PMC 2034480. PMID 17715147. doi:10.1093/nar/gkm588. 
22. Reich 2018.
23. Allentoft et al. (2012)
24. Hebsgaard, M.B., Phillips, M.J. & Willerslev, E., 2005. Geologically ancient DNA: fact or artefact? Trends in microbiology, 13(5), pp.212–220.
25. Hansen, A.J. et al., 2006. Crosslinks rather than strand breaks determine access to ancient DNA sequences from frozen sediments. Genetics, 173(2), pp.1175–1179.
26. Pruvost, M. et al., 2007. Freshly excavated fossil bones are best for amplification of ancient DNA. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 104(3), pp.739–744.
27. Burger, J. et al., 1999. DNA preservation: a microsatellite-DNA study on ancient skeletal remains. Electrophoresis, 20(8), pp.1722–1728.
28. Allentoft ME; Collins M; Harker D; Haile J; Oskam CL; Hale ML; Campos PF; Samaniego JA; Gilbert MTP; Willerslev E; Zhang G; Scofield RP; Holdaway RN; Bunce M (2012). "The half-life of DNA in bone: measuring decay kinetics in 158 dated fossils". Proceedings of the Royal Society B 279 (1748): 4724–33. PMC 3497090. PMID 23055061. doi:10.1098/rspb.2012.1745. 
29. Grass, R. N.; Heckel, R.; Puddu, M.; Paunescu, D.; Stark, W. J. (2015). "Robust Chemical Preservation of Digital Information on DNA in Silica with Error-Correcting Codes". Angewandte Chemie International Edition 54 (8): 2552–2555. PMID 25650567. doi:10.1002/anie.201411378. 
30. Willerslev E, Hansen AJ, Binladen J, et al. (maio de 2003). "Diverse plant and animal genetic records from Holocene and Pleistocene sediments". Science 300 (5620): 791–5. Bibcode:2003Sci...300..791W. PMID 12702808. doi:10.1126/science.1084114. 
31. Zischler H; Höss M; Handt O; von Haeseler A; van der Kuyl AC; Goudsmit J (maio de 1995). "Detecting dinosaur DNA". Science 268 (5214): 1192–3; author reply 1194. PMID 7605504. doi:10.1126/science.7605504. 
32. Nicholls H (febreiro de 2005). "Ancient DNA Comes of Age". PLOS Biology 3 (2): e56. PMC 548952. PMID 15719062. doi:10.1371/journal.pbio.0030056. ^{[Ligazón morta]}
33. Johnson SS; Hebsgaard MB; Christensen TR; Mastepanov M; Nielsen R; Munch K; Brand T; Gilbert MT; Zuber MT; Bunce M; Rønn R; Gilichinsky D; Froese D; Willerslev E (setembro de 2007). "Ancient bacteria show evidence of DNA repair". PNAS 104 (36): 14401–5. Bibcode:2007PNAS..10414401J. PMC 1958816. PMID 17728401. doi:10.1073/pnas.0706787104. 
34. Pääbo, Svante; Poinar, Hendrik; Serre, David; Jaenicke-Després, Viviane; Hebler, Juliane; Rohland, Nadin; Kuch, Melanie; Krause, Johannes; Vigilant, Linda; Hofreiter, Michael (2004). "Genetic Analyses from Ancient DNA" (PDF). Annual Review of Genetics 38 (1): 645–679. ISSN 0066-4197. PMID 15568989. doi:10.1146/annurev.genet.37.110801.143214. Arquivado dende o orixinal (PDF) o 17 de decembro de 2008. Consultado o 1 de decembro de 2008. 
35. Johnson, Pl; Slatkin, M (Jan 2008). "Accounting for bias from sequencing error in population genetic estimates" (Free full text). Molecular Biology and Evolution 25 (1): 199–206. ISSN 0737-4038. PMID 17981928. doi:10.1093/molbev/msm239. 
36. Briggs, Aw; Stenzel, U; Johnson, Pl; Green, Re; Kelso, J; Prüfer, K; Meyer, M; Krause, J; Ronan, Mt; et al. (Sep 2007). "Patterns of damage in genomic DNA sequences from a Neandertal" (Free full text). Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 104 (37): 14616–21. Bibcode:2007PNAS..10414616B. ISSN 0027-8424. PMC 1976210. PMID 17715061. doi:10.1073/pnas.0704665104. 
37. Gansauge, Marie-Theres; Meyer, Matthias (2014). "Selective enrichment of damaged DNA molecules for ancient genome sequencing". Genome Research 24 (9): 1543–9. PMC 4158764. PMID 25081630. doi:10.1101/gr.174201.114. 
38. Pratas, Diogo; Hosseini, Morteza; Grilo, Goncalo; Pinho, Armando; Silva, Raquel; Caetano, Tania; Carneiro, Joao; Pereira, Filipe (2018). "Metagenomic Composition Analysis of an Ancient Sequenced Polar Bear Jawbone from Svalbard". Genes 9 (9): 445. doi:10.3390/genes9090445. 
39. Slatkin, Montgomery; Racimo, Fernando (2016-06-07). "Ancient DNA and human history". Proceedings of the National Academy of Sciences (en inglés) 113 (23): 6380–6387. ISSN 0027-8424. PMC 4988579. PMID 27274045. doi:10.1073/pnas.1524306113. 
40. Thomas RH; Schaffner W; Wilson AC; Pääbo S (agosto de 1989). "DNA phylogeny of the extinct marsupial wolf". Nature 340 (6233): 465–7. Bibcode:1989Natur.340..465T. PMID 2755507. doi:10.1038/340465a0. 
41. Hänni C; Laudet V; Stehelin D; Taberlet P (decembro de 1994). "Tracking the origins of the cave bear (Ursus spelaeus) by mitochondrial DNA sequencing". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 91 (25): 12336–40. Bibcode:1994PNAS...9112336H. PMC 45432. PMID 7991628. doi:10.1073/pnas.91.25.12336. 
42. Poinar HN, Hofreiter M, Spaulding WG, et al. (xullo de 1998). "Molecular coproscopy: dung and diet of the extinct ground sloth Nothrotheriops shastensis". Science 281 (5375): 402–6. Bibcode:1998Sci...281..402P. PMID 9665881. doi:10.1126/science.281.5375.402. 
43. Hofreiter M, Poinar HN, Spaulding WG, et al. (decembro de 2000). "A molecular analysis of ground sloth diet through the last glaciation". Mol. Ecol. 9 (12): 1975–84. PMID 11123610. doi:10.1046/j.1365-294X.2000.01106.x. 
44. Kuch M; Rohland N; Betancourt JL; Latorre C; Steppan S; Poinar HN (maio de 2002). "Molecular analysis of an 11,700-year-old rodent midden from the Atacama Desert, Chile". Mol. Ecol. 11 (5): 913–24. PMID 11975707. doi:10.1046/j.1365-294X.2002.01492.x. 
45. Willerslev E; Cooper A (xaneiro de 2005). "Ancient DNA". Proceedings of the Royal Society B 272 (1558): 3–16. PMC 1634942. PMID 15875564. doi:10.1098/rspb.2004.2813. 
46. Erika Check Hayden (26 de xuño de 2013). "First horses arose 4 million years ago". Nature. doi:10.1038/nature.2013.13261. 
47. Dabney; et al. (2013). "Complete mitochondrial genome sequence of a Middle Pleistocene cave bear reconstructed from ultrashort DNA fragments". PNAS 110 (39): 15758–15763. Bibcode:2013PNAS..11015758D. PMC 3785785. doi:10.1073/pnas.1314445110. Arquivado dende o orixinal o 19 de xaneiro de 2014. Consultado o 18 de xaneiro de 2014. 
48. Kirkpatrick, John B.; Walsh, Emily A.; D’Hondt, Steven (2016-07-08). "Fossil DNA persistence and decay in marine sediment over hundred-thousand-year to million-year time scales". Geology (en inglés) 44 (8): 615–618. ISSN 0091-7613. doi:10.1130/g37933.1. 
49. Hänni C; Laudet V; Coll J; Stehelin D (xullo de 1994). "An unusual mitochondrial DNA sequence variant from an Egyptian mummy". Genomics 22 (2): 487–9. PMID 7806242. doi:10.1006/geno.1994.1417. 
50. Jackson PJ, Hugh-Jones ME, Adair DM, et al. (febreiro de 1998). "PCR analysis of tissue samples from the 1979 Sverdlovsk anthrax victims: The presence of multiple Bacillus anthracis strains in different victims". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 95 (3): 1224–9. Bibcode:1998PNAS...95.1224J. PMC 18726. PMID 9448313. doi:10.1073/pnas.95.3.1224. 
51. Basler CF, Reid AH, Dybing JK, et al. (febreiro de 2001). "Sequence of the 1918 pandemic influenza virus nonstructural gene (NS) segment and characterization of recombinant viruses bearing the 1918 NS genes". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 98 (5): 2746–51. Bibcode:2001PNAS...98.2746B. PMC 30210. PMID 11226311. doi:10.1073/pnas.031575198. 
52. Taubenberger JK; Reid AH; Krafft AE; Bijwaard KE; Fanning TG (marzo de 1997). "Initial genetic characterization of the 1918 "Spanish" influenza virus". Science 275 (5307): 1793–6. PMID 9065404. doi:10.1126/science.275.5307.1793. 
53. Pratas D; Pinho AJ; Silva RM; Rodrigues JMOS; Hosseini M; Caetano T; Ferreira PJSG (febreiro de 2018). "FALCON: a method to infer metagenomic composition of ancient DNA". bioRxiv. doi:10.1101/267179. 
54. Lalueza-Fox, Carles; Rosas, Antonio; Rasilla, Marco de la (2012-01-20). "Palaeogenetic research at the El Sidrón Neanderthal site". Annals of Anatomy - Anatomischer Anzeiger. Special Issue: Ancient DNA 194 (1): 133–137. doi:10.1016/j.aanat.2011.01.014. 
55. Zimmer, Carl (16 de novembro de 2015). "In a Tooth, DNA From Some Very Old Cousins, the Denisovans". The New York Times. Consultado o 16 de novembro de 2015. 
56. Sawyer, Susanna; Renaud, Gabriel; Viola, Bence; Hublin, Jean-Jacques; Gansauge, Marie-Theres; Shunkov, Michael V.; Derevianko, Anatoly P.; Prüfer, Kay; Kelso, Janet; Pääbo, Svante (11 de novembro de 2015). "Nuclear and mitochondrial DNA sequences from two Denisovan individuals". PNAS 112: 201519905. Bibcode:2015PNAS..11215696S. doi:10.1073/pnas.1519905112. Arquivado dende o orixinal o 20 de novembro de 2015. Consultado o 16 de novemb 2015. 
57. Zimmer, Carl (21 de setembro de 2017). "Clues to Africa’s Mysterious Past Found in Ancient Skeletons". The New York Times. Consultado o 21 de setembro de 2017. 

Véxase tamén

Outros artigos

• Arqueoxenética
• Paleoxenética
• Árbore filoxenética
• Proteína antiga

Bibliografía

• An C-C, Li Y, Zhu Y-X. 1995. Molecular cloning and sequencing of the 18S rDNA from specialized dinosaur egg fossil found in Xixia Henan, China. Acta Sci Nat Univ Pekinensis 31:140–147
• Baker LE. 2001. Mitochondrial DNA haplotype and sequence analysis of historic Choctaw and Menominee hair shaft samples. PhD Thesis. University of Tennessee, Knoxville.
• Basler CF; Reid, AH; Dybing, JK; Janczewski, TA; Fanning, TG; Zheng, H; Salvatore, M; Perdue, ML; et al. (2001). "Sequence of the 1918 pandemic influenza virus nonstructural gene (NS) segment and characterization of recombinant viruses bearing the 1918 NS genes". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 98 (5): 2746–2751. Bibcode:2001PNAS...98.2746B. PMC 30210. PMID 11226311. doi:10.1073/pnas.031575198. 
• Cano RJ; Poinar H; Poinar Jr. GO (1992a). "Isolation and partial characterisation of DNA from the bee Problebeia dominicana (Apidae:Hymenoptera) in 25–40 million year old amber". Med Sci Res 20: 249–251. 
• Cano RJ; Poinar HN; Roubik DW; Poinar Jr. GO (1992b). "Enzymatic amplification and nucleotide sequencing of portions of the 18S rRNA gene of the bee Problebeia dominicana (Apidae:Hymenoptera) isolated from 25–40 million year old Dominican amber". Med Sci Res 20: 619–622. 
• Cano RJ; Borucki MK; Higby-Schweitzer M; Poinar HN; Poinar GO Jr.; Pollard KJ (1994). "Bacillus DNA in fossil bees: an ancient symbiosis?". Appl Environ Microbiol 60: 2164–167. 
• Cooper A; Mourer-Chauviré C; Chambers GK; von Haeseler A; Wilson A; Pääbo S (1992). "Independent origins of New Zealand moas and kiwis". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 89 (18): 8741–8744. Bibcode:1992PNAS...89.8741C. PMC 49996. PMID 1528888. doi:10.1073/pnas.89.18.8741. 
• Díaz M.L. and Rodríguez E.L. The History of the Infectious Diseases is Written in the aDNA: Reality or Fiction. Bol. Int. Cienc. Básica. Vol.3, No.3:68–76. (Article N° BICB-08140200)
• Donoghue HD, Spigelman M, Zias J, Gernaey-Child AM, Minnikin DE. 1998. Mycobacterium tuberculosis complex DNA in calcified pleura from remains 1400 years old. Lett Appl Microbiol 27:265–269
• Dumolin-Lapegue S; Pemonge H-M; Gielly L; Taberlet P; Petit RJ (1999). "Amplification of oak DNA from ancient and modern wood". Mol. Ecol. 8 (12): 2137–2140. PMID 10632865. doi:10.1046/j.1365-294x.1999.00788.x. 
• Fish SA; Shepherd TJ; McGenity TJ; Grant WD (2002). "Recovery of 16S ribosomal RNA gene fragments from ancient halite". Nature 417 (6887): 432–436. Bibcode:2002Natur.417..432F. PMID 12024211. doi:10.1038/417432a. 
• Gilbert MT, Wilson AS, Bunce M, Hansen AJ, Willerslev E, Shapiro B, Higham TF, Richards MP, O'Connell TC, Tobin DJ, Janaway RC, Cooper A (2004). "Ancient mitochondrial DNA from hair". Current Biology 14 (12): R463–464. doi:10.1016/j.cub.2004.06.008. 
• Golenberg EM (1991). "Amplification and analysis of Miocene plant fossil DNA". Philos Trans R Soc Lond B 333 (1268): 419–26. doi:10.1098/rstb.1991.0092. 
• Golenberg EM; Giannasi DE; Clegg MT; Smiley CJ; Durbin M; Henderson D; Zurawski G (1990). "Chloroplast DNA sequence from a Miocene Magnolia species". Nature 344 (6267): 656–658. Bibcode:1990Natur.344..656G. PMID 2325772. doi:10.1038/344656a0. 
• Goloubinoff P; Pääbo S; Wilson AC (1993). "Evolution of maize inferred from sequence diversity of an Adh2 gene segment from archaeological specimens". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 90 (5): 1997–2001. Bibcode:1993PNAS...90.1997G. PMC 46007. PMID 8446621. doi:10.1073/pnas.90.5.1997. 
• Hagelberg E; Sykes B; Hedges R (1989). "Ancient bone DNA amplified". Nature 342 (6249): 485. Bibcode:1989Natur.342..485H. PMID 2586623. doi:10.1038/342485a0. 
• Hagelberg E; Thomas MG; Cook Jr. CE; Sher AV; Baryshnikov GF; Lister AM (1994). "DNA from ancient mammoth bones". Nature 370 (6488): 333–334. Bibcode:1994Natur.370R.333H. PMID 8047136. doi:10.1038/370333b0. 
• Handt O, Richards M, Trommsdorf M, Kilger C, Simanainen J, Georgiev O, Bauer K, Stone A, Hedges R (1994b). "Molecular genetic analyses of the Tyrolean Ice Man". Science 264 (5166): 1775–1778. Bibcode:1994Sci...264.1775H. PMID 8209259. doi:10.1126/science.8209259. 
• Jones, Martin (2016). Unlocking the Past: How Archaeologists Are Rewriting Human History with Ancient DNA. Arcade. ISBN 978-1628724479. 
• Junqueira ACM; Lessinger AC; Azeredo-Espin AML (2002). "Methods for the recovery of mitochondrial DNA sequences from museum specimens of myiasis-causing flies". Med Vet Entomol 16 (1): 39–45. PMID 11963980. doi:10.1046/j.0269-283x.2002.00336.x. 
• Li Y, An C-C, Zhu Y-X (1995). "DNA isolation and sequence analysis of dinosaur DNA from Cretaceous dinosaur egg in Xixia Henan, China". Acta Sci Nat Univ Pekinensis 31: 148–152. 
• Lindahl T (1993). "Recovery of antediluvian DNA". Nature 365 (6448): 700. Bibcode:1993Natur.365..700L. PMID 8413647. doi:10.1038/365700a0. 
• Montiel R; Malgosa A; Francalacci P (2001). "Authenticating ancient human mitochondrial DNA". Hum Biol 73 (5): 689–713. doi:10.1353/hub.2001.0069. 
• Pääbo S (1985a). "Preservation of DNA in ancient Egyptian mummies". J. Archaeol. Sci. 12 (6): 411–417. doi:10.1016/0305-4403(85)90002-0. 
• Pääbo S (1985b). "Molecular cloning of ancient Egyptian mummy DNA". Nature 314 (6012): 644–645. Bibcode:1985Natur.314..644P. PMID 3990798. doi:10.1038/314644a0. 
• Pääbo S. 1986. Molecular genetic investigations of ancient human remains. Cold Spring Harbour Symp Quant Biol. 51:441–446
• Pevsner, Jonathan (2015). Bioinformatics and Functional Genomics (3rd ed.). Wiley-Blackwell. ISBN 978-1118581780. 
• Poinar H; Cano R; Poinar G (1993). "DNA from an extinct plant". Nature 363 (6431): 677. Bibcode:1993Natur.363..677P. doi:10.1038/363677a0. 
• Poinar HN, Küch M, Sobolik KD, Barnes I, Stankiewicz AB, Kuder T, Spaulding WG, Bryant VM, Cooper A (2001). "A molecular analysis of dietary diversity for three archaic Native Americans". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 98 (8): 4317–4322. Bibcode:2001PNAS...98.4317P. PMC 31832. PMID 11296282. doi:10.1073/pnas.061014798. 
• Rizzi E, Lari M, Gigli E, De Bellis G, Caramelli D, 2012, Ancient DNA studies: new perspectives on old samples, Genetic Selection and Evolution volume,44: 21 doi 10.1186/1297-9686-44-21
• Vreeland RH; Rozenwieg WD; Powers DW (2000). "Isolation of a 250 million-year-old halotolerant bacterium from a primary salt crystal". Nature 407 (6806): 897–900. Bibcode:2000Natur.407..897V. PMID 11057666. doi:10.1038/35038060. 
• Willerslev E; Cooper A (2005). "Ancient DNA". Proceedings of the Royal Society B 272 (1558): 3–16. PMC 1634942. PMID 15875564. doi:10.1098/rspb.2004.2813. 
• Reich, David (2018). Who We Are And How We Got Here - Ancient DNA and the New Science of the Human Past. Pantheon Books. ISBN 978-1101870327. ^[1]

Conferencias

• The 1st International Ancient DNA Conference celebrada en St John's College, Nottingham, Inglaterra, 1991.
• The 2nd International Ancient DNA Conference celebrada na Smithsonian Institution, Washington, D.C., EUA, 1993.
• The 3rd International Ancient DNA Conference celebrada na Universidade de Oxford, Oxford, Inglaterra, 1995.
• The 4th International Ancient DNA Conference celebrada na Universidade Georg-August, Göttingen, Alemaña, 1997.
• [1] – The 5th International Ancient DNA Conference celebrada na Universidade de Manchester, Manchester, Inglaterra, 2000.
• The 6th International Conference on Ancient DNA and Associated Biomolecules celebrada na Universidade Hebrea, Xerusalén, Tel-Aviv e Rehovot, Israel, 2002.
• The 7th International Conference on Ancient DNA & Associated Biomolecules celebrada na Universidade de Queensland, Brisbane, Australia, en 2004.
• [2] – The 8th International Conference on Ancient DNA and Associated Biomolecules celebrada na Universidade Médica de Łódź, Łódź, Polonia, 2006.
• The 9th International Conference on Ancient DNA and Associated Biomolecules celebrada ba Universidade de Nápoles, Nápoles & Pompeia, Italia, 2008.
• [3] – The 10th International Conference on Ancient DNA and Associated Biomolecules celebrada na Universidade Ludwig-Maximilians, Múnic, Alemaña, 2010.
• [4] A day with ancient DNA celebrado na Universidade de Florencia, Florencia, Italia, 2012.
• The 1st International Symposium of Biomolecular Archaeology celebrada na Universidade Vrij, Ámsterdam, Países Baixos.
• [5] The 2nd International Symposium of Biomolecular Archaeology celebrada na Universidade de Estocolmo, Suecia, 2006
• [6] The 3rd International Symposium of Biomolecular Archaeology celebrada na Universidade de York, Reino Unido, 2008
• [7]Arquivado 07 de novembro de 2018 en Wayback Machine. The 4th International Symposium of Biomolecular Archaeology celebrado na Universidade de Copenhagen, Dinamarca, 2010
• [8] The 5th International Symposium of Biomolecular Archaeology celebrado en Beijing, China, 2012

Ligazóns externas

• ADN antigo, viaxes antigos
• ADNmt famoso, isogg wiki
• ADNmt antigo, isogg wiki
• ADN antigo, y-str.org
• Evidence of the Past: A Map and Status of Ancient Remains.
• British teacher finds long-lost relative: 9,000-year-old man Arquivado 13 de marzo de 2007 en Wayback Machine. – Análise de ADNmt.
• Genetic characterization of the body attributed to the evangelist Luke Arquivado 29 de maio de 2008 en Wayback Machine. (PDF) mellor ligazón en http://www.pnas.org/cgi/content/full/98/23/13460 Arquivado 29 de maio de 2008 en Wayback Machine. – mtDNA
• Unravelling the mummy mystery – using DNA – sen datos sobre DNAY, só ADNmt

1. Diamond, Jared (20 de abril de 2018). A Brand-New Version of Our Origin Story. The New York Times. Consultado o 23 de abril de 2018.