Jmol

Jmol
Captura de pantalla dunha molécula en Jmol
Desenvolvedor(es)	equipo de desenvolvemento de Jmol
Última versión	13.0.4 (10 de setembro de 2012)
Repositorio	sourceforge.net/p/jmol/code/HEAD/tree/
Sistema operativo	multiplataforma
Tipo	Modelización molecular
Licenza	GPL
Sitio web	www.jmol.org wiki.jmol.org

Jmol é un visor de código aberto de estruturas químicas en 3D.^[1] Jmol devolve unha representación tridimensional dunha molécula que pode usarse como ferramenta de ensino^[2] ou para a investigación, por exemplo en química e bioquímica. É software libre e de código aberto, escrito en Java e por iso pódese executar en Windows, Mac OS X, Linux e sistemas Unix. Existe unha aplicación independente e un kit de ferramentas de desenvolvemento que pode integrarse noutras aplicacións Java. A característica máis notable é unha miniaplicación (applet) que se pode integrar en páxinas web para mostrar as moléculas de moitas formas. Por exemplo, as moléculas pódense mostrar como modelos de "bóla e pau", modelos "que enchen o espazo", modelos de "cinta" etc.^[3] Jmol é compatible cunha ampla gama de formatos de ficheiro moleculares, incluíndo Protein Data Bank (PDB), ficheiro de información cristalográfica (CIF), MDL Molfile (mol) e Chemical Markup *Language (CML).

A miniaplicación Jmol, entre outras capacidades, ofrece unha alternativa á aplicación (plug-in) Chime, que xa non está baixo desenvolvemento activo. Aínda que Jmol ten moitas características que non están dispoñibles en Chime, non pretende reproducir toda a funcionalidade de Chime (en particular, o modo de Sculpt ou esculpir). Chime require instalar un plug-in en Internet Explorer 6.0 ou Firefox 2.0 de Microsoft Windows, ou en Netscape Communicator 4.8 en MacintoshVOS/9. Jmol require instalar Java e funciona nunha ampla variedade de plataformas. Por exemplo, Jmol é completamente funcional en Mozilla Firefox, Internet Explorer, Opera, Google Chrome e Safari.

Galería de imaxes

• 
  Estrutura cristalina dunha ribonucleproteína con caixa H/ACA de Pyrococcus furiosus.
• 
  Dúas pontes salinas no tetrámero de hemoglobina (o grupo hemo móstrase como varas na parte inferior dereita).
• 
  Un fragmento do factor de transcrición TFIIIA con tres motivos dedo de zinc consecutivos, unido a un segmento de ADN.
• 
  Ribosoma bacteriano 70S de Thermus thermophilus.

Notas

1. Chen, Jim X. (2008). Springer, ed. Guide to Graphics Software Tools. ISBN 978-1-84800-900-4. 
2. Herráez, A (2006). "Biomolecules in the Computer: Jmol to the Rescue". Biochemistry and Molecular Biology Education 34 (4). doi:10.1002/bmb.2006.494034042644. 
3. Herráez, A (2007). Lulu, ed. How to Use Jmol to Study and Present Molecular Structures, Volume 1. ISBN 978-1-84799-259-8. 

Véxase tamén

Ligazóns externas

• Sitio web oficial de Jmol
• Wiki de Jmol onde hai unha lista de sitios web, wikis e moodles que usan Jmol (en inglés)