O topónimo Lenguazaque, en muysc cubun (lingua muisca) quere dicir «fin dos dominios do zaque» ou «faixa de terra do zaque», porque alí viña descansar o zaque de Hunza (actual Tunja) e a bañarse nas augas termais.
Lenguazaque foi xurisdición de Tunja até a época da Independencia. A fundación do pobo debeu ocorrer con posterioridade ó 20 de novembro de 1559, cando o oidor Tomás López prescribiu a instrución sobre a formación de novas vilas de indios. O primeiro encomendeiro de Lenguazaque foi Lázaro López Salazar.
