מחקריו מתמקדים בתיאוריה ובפרקטיקה של כתיבת היסטוריה המוצגת במיוחד בנושאי הזיכרון, התרבות והלאום, שתחילה תפסה את ההיסטוריה הגרמנית המודרנית כנקודת מוצא, אך התרחבה בהמשך גם למקומות ולתרבויות אחרות. קונפינו כהיסטוריון מבקש להרחיב את הדיסציפלינה ההיסטורית, לאזורי המחקר והתיאוריה שבהם השיטה ההיסטורית פוגשת אתנוגרפיה, ספרות, אנתרופולוגיה ולימודי תרבות.
ספרו של קונפינו "עולם ללא יהודים: הדמיון הנאצי - מרדיפות לרצח עם", פורסם באנגלית ב-2014 ומבקש להסביר את האנטישמיות הנאצית ואת השואה באמצעות התבוננות בדמיונם ובפנטזיות של הנאצים. הוא זכה לביקורות מעורבות, חלק מהמבקרים שיבחו את הניתוח של קונפינו על מקוריותו, בעוד שאחרים ביקרו אותו על כך שהוא מעלה טענות שאינן מגובות בראיות מספיקות. הספר פורסם בעברית ב-2017[7].
הספר מבוסס על מחקר שערך, שבו הוא דוחה חלק מההסברים הפופולריים לנאציזם, במיוחד את ההסברים המתמקדים בגזענות. הספר מתמקד בתקופה שבין 1933 ל-1939 ובפעולות והצהרות ציבוריות. תשובתו לשאלה מדוע ביצעו הנאצים רצח עם ביהודים היא ש"יהודים ייצגו את הזמן, המסמל מקורות היסטוריים מרושעים שהיה צריך למגר אותם כדי שתעלה הציוויליזציה הנאצית". הוא פתח תחום חדש למחקר וניתוח, "הדמיון והפנטזיה", בנוסף לאידאולוגיה של הנאצים.
במקום להדגיש את הגזענות, קונפינו מציע שהאנטישמיות הנאצית התבססה על הרבה יותר מגזענות מדעית. במקום זאת, רעיונות על אודות מדע וגזע שונו כדי להתאימם לאנטישמיות הקיצונית שנבעה בחלקם מהאנטישמיות הנוצרית. מה שחשוב יותר מגזענות מדעית היה סיפור על מקורות לאומיים. קונפינו דוחה את הרעיון, שקודם על ידי כמה היסטוריונים ואפולוגטיםנוצריים, לפיו הנאצים ביקשו למגר את הנצרות: "מטרתם לא הייתה למגר את הנצרות אלא למגר את שורשיה היהודיים של הנצרות", בהתבסס על גרסה קיצונית של תאולוגיית החילופין שתממש (הקונפליקט בין הטענות הסותרות של היהדות והנצרות). היטלר השתמש במאבק האנטי-יהודי כדי להצדיק את מלחמת העולם השנייה - "יהודים העניקו את המשמעות הכוללת למאבק הנאצי בין טוב לרע: המאבק המשיחי ליצירת תרבות נאצית היה תלוי בהשמדת היהודים". כאשר הנאצים שרפו ספרי תורה במהלך ליל הבדולח בנובמבר 1938, הם ניתקו, לטענתו, קשר מרכזי עם העבר, ואפשרו גם לגרמנים וגם ליהודים לדמיין "עולם ללא יהודים".
במקום להתמקד במדיניות קונקרטית אנטי-יהודית, קונפינו מתמקד בחקר ה"רגישויות והרגשות" המונחים מאחוריו. בכך הוא נכנס לניתוח פסיכואנליטי של מנהיגי הנאצים, אף שנמנע מ"טרמינולוגיה פרוידיאנית בעליל". קונפינו מנסה לנתב דרך אמצע בין גישות המציגות את האנטישמיות הנאצית כקרע עם העבר ואלו הרואים בכך הרחבה של תופעות קודמות. הוא כותב כי "השואה הייתה הניסוי הראשון באנושות חדשה שהושגה באמצעות השמדה, אנושיות משוחררת מכבלי העבר שלה".
^Crane, Susan A. (ביולי 1999). ". By Alon Confino (Chapel Hill, University of North Carolina Press, 1997) 280 pp. $55.00 cloth $19.95 paper". Journal of Interdisciplinary History. 30 (1): 129–131. doi:10.1162/jinh.1999.30.1.129. {{cite journal}}: (עזרה)
^Lenman, Robin (בספטמבר 2000). ". By Alon Confino. Chapel Hill: University of North Carolina Press, 1997. Pp. xiii+280. $55.00 (cloth); $19.95 (paper)". The Journal of Modern History. 72 (3): 831–832. doi:10.1086/316080. {{cite journal}}: (עזרה)
^"Alon Confino. <italic>The Nation as a Local Metaphor: Württemberg, Imperial Germany, and National Memory, 1871–1918</italic>. Chapel Hill: University of North Carolina Press. 1997. Pp. xiii, 280". The American Historical Review. באוקטובר 1999. doi:10.1086/ahr/104.4.1260. {{cite journal}}: (עזרה)
^Neaman, Elliot (2000). "Review of The Nation as a Local Metaphor; Württemberg, Imperial Germany, and National Memory, 1871–1918". German Politics & Society. 18 (4 (57)): 138–142. doi:10.3167/104503000782486471. ISSN1045-0300. JSTOR23737479.
^Sperber, Jonathan (28 בנובמבר 2007). "Germany as a Culture of Remembrance: Promises and Limits of Writing History. By Alon Confino. Chapel Hill: The University of North Carolina Press. 2006. Pp. xvii+306. Cloth $59.95. ISBN 0-8078-3042-9. Paper $24.95. ISBN 0-8078-5722-x". Central European History. 40 (4): 740–742. doi:10.1017/S0008938907001185. {{cite journal}}: (עזרה)
^Gudehus, Christian (באוקטובר 2008). "Review: Alon Confino, Germany as a Culture of Remembrance. Promises and Limits of Writing History, University of North Carolina Press: Chapel Hill, 2006; 306 pp., 45 illus.; 9780807857229, $59.95 (hbk)". European History Quarterly. 38 (4): 647–648. doi:10.1177/02656914080380040307. {{cite journal}}: (עזרה)
^Redding, Kimberly (10 בינואר 2020). ". By Alon Confino. (Chapel Hill, N.C.: University of North Carolina Press, 2006. Pp. xvii, 306. $24.95.)". The Historian. 70 (2): 367–368. doi:10.1111/j.1540-6563.2008.00213_45.x. {{cite journal}}: (עזרה)
^Hagen, William W. (בספטמבר 2008). ". By Alon Confino. Chapel Hill: University of North Carolina Press, 2006. Pp. xvii+306. $59.95 (cloth); $24.95 (paper)". The Journal of Modern History. 80 (3): 708–711. doi:10.1086/593440. {{cite journal}}: (עזרה)
^Crew, D. F. (1 בספטמבר 2008). "Germany as a Culture of Remembrance: Promises and Limits of Writing History. By Alon Confino (Chapel Hill: The University of North Carolina Press, 2006. xvii plus 306 pp. $24.95 PB)". Journal of Social History. 42 (1): 247–249. doi:10.1353/jsh.0.0045. {{cite journal}}: (עזרה)
^Steigmann-Gall, R. (29 באוקטובר 2013). "Foundational Pasts: The Holocaust as Historical Understanding". German History. 32 (1): 157–158. doi:10.1093/gerhis/ght089. {{cite journal}}: (עזרה)