דגל אורקני הנוכחי הוא הדגל הבלתי רשמי של איי אורקני. בראשית שנת 2007 נערך באיים משאל עם לבחירת דגל רשמי לאורקני. התושבים בחרו את הדגל מבין חמישה דגלים שהוצעו על ידי חצר הלורד ליון. הדגל שנבחר היה הדגל שעוצב על ידי דאנקן טאלוק (Duncan Tullock) מבירסיי שזכה ב-53% מקולות 200 בעלי זכות הבחירה[1].
הדגל טרם קיבל תוקף רשמי בהיעדר אישור סופי מחצר הלורד ליון.
הצבעים האדום והצהוב בדגל - הם הצבעים הלאומיים של הנס המלכותי של סקוטלנד, וכן של סמל נורווגיה. כך מסמל הדגל המוצע את הקשר ההיסטורי של אורקני הן לסקוטלנד והן לנורווגיה. הצבע הכחול שבדגל מקורו בדגל סקוטלנד ומסמל גם את הים ואת הקשר של האיים לים.
קודם לבחירת הדגל, נעשה באיים שימוש בדגל בלתי רשמי המכונה "דגל מגנוס הקדוש" (אף שאין ראיה לקשר כלשהו בין מגנוס הקדוש, שהיה רוזן אורקני בין השנים 1108–1117 לדגל זה). דגל זה מכיל צלב אדום על רקע צהוב - צבעים נורדיים מסורתיים המסמלים את הקשר של האיים לנורווגיה.