אתנוקרטיה (מיוונית: אתנוס - אתניות, קרטיה - שלטון) היא מונח מתחום הממשל ומדעי החברה הבא לתאר דומיננטיות (או בלעדיות) אתנית בשלטון, כלומר מצב שבו קבוצה אתנית אחת אוחזת ברוב עמדות הכוח השלטוניות או בכולן, ביחס שחורג ממשקלה של אותה קבוצה באוכלוסיית המדינה. תחת משטר אתנוקרטי, קבוצות המיעוט מופלות לרעה באופן עקבי על ידי המדינה ועשויות לסבול דיכוי, רדיפה או הפרות של זכויות האדם או האזרח או זכויות קבוצתיות שלהן.
לפי הגאוגרף הפוליטי אורן יפתחאל, באתנוקרטיה השלטון מכונן על ידי, ולמען, קבוצה אתנית דומיננטית מובחנת המתגוררת בשטחי המדינה, אך גם מחוצה להם. שלטון זה אינו דמוקרטי, אך גם אינו משטר סמכותני או עריצי; בהיותו מושתת על "היגיון אתני", שלטון זה מחזק, או יוצר רבדים, של זהויות אתניות על בסיסים לאומיים ומעמדיים, וממעיט בחשיבות האזרחות הטריטוריאלית[1].
המונח "אתנוקרטיה" הוטבע בשיח הישראלי על ידי החוקר אורן יפתחאל שבא לבקר את המונח "דמוקרטיה אתנית" של הסוציולוג הפוליטי סמי סמוחה. לפי יפתחאל, בישראל נהוגות בידי המשטר פרקטיקות אתנוקרטיות, בהן הבחנה בחוק בין אזרחים על בסיס לאומיותם האתנית והפליה רחבה של אזרחים ערבים[3][4]. הבחנה זו אינה ההבחנה המקובלת לגבי ישראל, אך היא פופולרית בקרב אסכולות מסוימות[4].