בטרמינולוגיה צבאית, אתר שחור (באנגלית: Black Site) הוא המיקום בו מתרחש תהליך מבצעי או מיזם שחור שאינם רשמיים ואשר לא קיבלו היתר ממשלתי. הדבר מתייחס למתקנים שנשלטים בידי סוכנות ה-CIA ומשמשים את ממשלת ארצות הברית לצורך המלחמה העולמית בטרור כדי להחזיק בלוחם בלתי חוקי.
נשיא ארצות הברית ג'ורג' ווקר בוש אישר את קיומם של בתי כלא חשאיים שהשתמשה בהם סוכנות ה-CIA במהלך נאומו ב-6 בספטמבר 2006.[1][2] הוושינגטון פוסט העלה טענה בנוגע לקיומם של האתרים השחורים בנובמבר 2005, כאשר עוד לפני כן הועלו טענות דומות בידי ארגוני זכויות האדם.[3]
ברוב של 382 חברי הפרלמנט האירופי (כאשר 256 חברים הצביעו נגד ההחלטה ו-74 נמנעו), דו"ח של האיחוד האירופי מ-14 בפברואר 2007 חשף כי ה-CIA הפעילו כ-1,245 טיסות ושלא ניתן לסתור עדויות על קיומם של מתקני החזקה בפולין וברומניה בהם עונו אסירים.[4][5]