בקבוק ננסן (בנורווגית: Nansenflaske) הוא מכשיר מדעי לדגימת מים מעומקים שונים, שהומצא על ידי האוקיינוגרף והזואולוג הימי פריטיוף ננסן בשלהי המאה ה-19, או ב-1910.[1][2]
המכשיר עשוי מגליל מתכת, או פלסטיק, פתוח לכניסת המים מכיוון אחד, אותו מורידים למים בעזרת כבל. לאחר שהגיע לעומק הרצוי, מורידים על הכבל משקולת אשר עם פגיעתה בבקבוק היא גורמת להפיכתו ולסגירת מכסה קפיצי הכולא את המים שנאספו בעומק הים. לאחר מכן ומעלים את הבקבוק עם דגימת מים מהעומק הנבחר. ניתן לחבר בקבוקי ננסן בשרשרת לאורך כבל אחד, כך שהם ננעלים בעומקי ים שונים ומאפשרים איסוף מספר דגימות מים בבת-אחת.[3] הבקבוק מצויד בדרך כלל במד חום המודד ורושם את טמפרטורת המים במקום דגימתה.
השימוש בבקבוקי ננסן אינו נפוץ עוד במחקר אוקיינוגרפי לאחר שהוחלף על ידי "בקבוק ניסקין" בשנות ה-60 של המאה ה-20.
בקבוק ניסקין הוא שיפור של בקבוק ננסן, אשר נרשם כפטנט על ידי הממציא שייל ניסקין (Shale Niskin) במרץ 1966.[3] במקום בקבוק האטום בצידו האחד, בקבוק ניסקין הוא צילינדר הפתוח בשני קצותיו, העשוי בדרך כלל מחומר פלסטי. בכל אחד מן הקצוות מכסה קפיצי. נעילת הבקבוק נעשית באופן דומה לבקבוק ננסן, בעזרת משקולת הנופלת לאורך הכבל אליו קשור הבקבוק ופגיעתה אוטמת את שני קצוות הבקבוק. אף בקבוק זה מצויד בדרך כלל במד חום. בקבוקים מודרניים מצוידים במנגנון הפעלה באמצעות שסתומי לחץ המכוונים להיסגר בעומק מסוים, או באמצעות שלט רחוק. סידור זה מקל על חיבור מספר רב של בקבוקי ניסקין על מתקן מעגלי בודד, המכונה "רוזטה" ואיסוף דגימות מעומקי ים שונים, כך שכל בקבוק נאטם בעומק שונה. בשיטה זו ניתן להציב עד 36 בקבוקים על מתקן דגימה בודד.