עד לשנת 2002 לא היה דגל רשמי ליבשת אנטארקטיקה, וזאת משום שאין ממשלה רשמית אחת ביבשת. מספר מדינות טוענות לבעלות על חלקי היבשת, אולם בהתאם לאמנת אנטארקטיקה הוחלט שתביעות ריבונות אלה יושעו. בשנת 2002 בחרו המדינות החברות באמנה דגל שייצג את היבשת, אך הדגל הוחלף בשנת 2020. הדגל הישן, שכיום משמש לסמל האמנה עצמה, בעל רקע כחול ובמרכזו צללית צורת היבשת בלבן יחד עם קווים לבנים המייצגים את קווי האורך והרוחב באזור הקוטב הדרומי.[1] הדגל החדש נקרא "טרו סאות'" (דרום אמיתי) והוא הדגל מורכב משני פסים אופקיים שווים בצבעים כחול כהה (למעלה) ולבן, ומעוין גדול, המפוצל לשני דלתונים שונים, דלתון קמור מלמעלה ודלתון קעור מלמטה. הדלתון הקמור צבוע בלבן, והקעור בכחול כהה.
מספר דגלים הוצעו במטרה לסמל את יבשת אנטארקטיקה:
גרהם ברטרם (Graham Bartram) מתבסס בהצעתו לדגל אנטארקטיקה על דגל האומות המאוחדות. במרכז הדגל מפה בצבע לבן של היבשת, על רקע כחול. הצבעים מסמלים נייטרליות (ובכך נוגדים את הטענות החופפות בשטחן של הממלכה המאוחדת, צ'ילה וארגנטינה לשטחים ביבשת). הדגל הונף באנטארקטיקה לראשונה בשנת 2002 ביוזמת טד קיי (Ted Kaye), חבר האוגדה הווקסילולוגית הצפון אמריקאית, בבסיסי המחקר של הממלכה המאוחדת, ברזיל ואוקראינה, ובכך הפך למעשה הדגל לדגל רשמי (מכוח המנהג הבינלאומי).
הדגל שהוצע על ידי הווקסילולוג ויטני סמית (Whitney Smith) הוא דגל כתום (הצבע הכתום הוא הצבע הבינלאומי המסמל קריאה לעזרה - צבע זה בולט במיוחד אל מול צבע השלג). הצבע הכתום נבחר בשל השוני שלו מיתר דגלי מדינות העולם. הסמל על הדגל כולל את האות "A" המסמלת את שם היבשת בלועזית (Antarctica). האות A ניצבת על צלחת, המסמלת את מיקום היבשת על פני כדור הארץ, ושתי ידיים המחזיקות את היבשת, מסמלות שימוש בדרכי שלום ביבשת. הסמל שעל הדגל צבוע בלבן המסמל את צבעה של היבשת. הסמל ממוקם בקרבת הניצב של הדגל, ולא במרכזו, וזה בשל הרצון שיראו את הסמל גם כאשר הדגל יתבלה בקצהו הרחוק מהניצב (דבר שקורה במהרה בשל הרוחות העזות הנושבות ביבשת). דגל מוצע זה לא הונף מעולם באופן רשמי.
מרבית המדינות השונות הטוענות לשליטה על שטחים באנטארקטיקה משתמשות בדגלי הלאום של המדינות בבסיסיהן, אולם מספר מדינות הציעו דגלים לטריטוריות אלה:
דגל הטריטוריה הבריטית באנטארקטיקה הוא נס לבן שבמרכז סמל הטריטוריה.
דגל הארצות הדרומיות והאנטארקטיות של צרפת הוא דגל כחול שבקנטון הדגל (הרביע העליון הקרוב לניצב) מופיע דגל צרפת. במרכז הדגל מופיע סמל הטריטוריה.
דגל הפרובינציה הארגנטינאית טיירה דל פואגו הכוללת בתוכה גם את שטח אנטארקטיקה הארגנטינאית (מ- 25 מעלות מערב ועד 74 מעלות מערב) אומץ רשמית בשנת 1999 בעקבות תחרות שנערכה. הדגל מציג ציפור אנטארקטית וכן את הצלב הדרומי.
פרובינציית אנטארקטיקה צ'ילנה המהווה חלק מאזור מגלאנס ואנטארקטיקה צ'ילנה (53 מעלות מערב עד 90 מעלות מערב). בבירת הפרובינציה - פוארטו ויליאמס מניפים את הדגל של הפרובינציה עליו מוצג הצלב הדרומי מעל רכס הרים.
שטח חסות רוס (טריטוריה שניו זילנד טוענת לשליטה בה) מניפה רשמית את דגל ניו זילנד אולם היו מספר מקרים שהונף בטריטוריה הדגל בעיצובו של הוקסילולוג ג'יימס דיגנן (James Dignan) המתבסס על דגל ניו זילנד, כאשר לדגל צבע רקע שונה מזה של רקע דגל ניו זילנד. צבע הרקע מייצג את ים רוס ואילו הפס הלבן בתחתית הדגל שהוצע על ידי דיגנן מייצג את מדף הקרח רוס.