השפעת פיגועי 11 בספטמבר 2001 בארצות-הברית הייתה נרחבת, ארוכת טווח ומקיפה בתחומים רבים, מעבר להשפעתם המיידית.
ההשפעה המרכזית של הפיגועים הייתה הכרזת המלחמה העולמית בטרור על ידי הנשיא ג'ורג' ווקר בוש ובני בריתה של ארצות הברית, מערכה שנמשכת למעשה עד היום. מערכה זו, לצד המלחמות שלוו לה (מלחמת אפגניסטן ועיראק), השפיעו בצורה משמעותית על החברה המערבית, ובמידה רבה הכתיבו את סדר היום הפוליטי בארצות הברית למשך תקופה ארוכה. תוצאות נלוות למערכה זו היא כיבוש עיראק והפלת משטרו של סאדם חוסיין בעיראק ושלטון הטליבאן באפגניסטן והקמת שלטון דמוקרטי במדינות אלו.
השפעה נוספת לפיגועים היא חקיקת חוק הפטריוט השנוי במחלוקת, ב-26 באוקטובר 2001. תוקף החוק - שהוגבל מלכתחילה לחמש שנים - הוארך מאז שוב ושוב, בשינויים קלים וחלקים ממנו אושררו בחקיקה קבועה.
אחת השאלות שעלו בימים שלאחר הפיגועים נגעה לטיב האבטחה בנמלי התעופה בעולם. השאלה שעמדה בבסיס הדיון הייתה, כיצד הצליחו כל 19 החוטפים לעבור את כל נקודות הביקורת השונות בנמלים, לעלות על המטוסים ולהשתלט עליהם בקלות רבה כל כך. בשנים שלאחר הפיגועים ובעקבות הפקת לקחים, הועלתה משמעותית רמת האבטחה בנמלי תעופה ובטיסות רבות בארצות הברית וברחבי העולם.
כבר יומיים לאחר הפיגועים, הוציאה רשות התעופה הפדרלית האמריקאית (Federal Aviation Administration) הוראה שהטילה איסור גורף על הכנסת כל סוגי הסכינים למיניהם לתוך המטוסים. ההוראה ניתנה לאחר שהתברר שהמחבלים הורשו לעלות למטוסים אף על פי שהם נשאו על גופם סכינים יפניות שכן לא היה איסור על הדבר באותה עת. המחבלים ניצלו עובדה זו והשתמשו בסכינים ככלי נשק בעת החטיפה.
נושא נוסף שנבחן הוא כיצד הצליחו המחבלים להתפרץ לתוך תא הטייס באין מפריע. אחת המסקנות שהתקבלו הביאה לחיזוק דלתות תא הטייס עד כדי כך שבמטוסים רבים הפכו הדלתות למשוריינות וחסינות ירי. במטוסים רבים הותקנו גם מצלמות טלוויזיה במעגל סגור על מנת שהטייסים יוכלו לצפות במתרחש בתא הנוסעים. חלק מהטייסים (בעלי רישיון מתאים) קיבלו אפשרות לשאת אקדח בזמן הטיסה לצורך הגנה עצמית, ומספר הולך וגדל של מאבטחי טיסה החלו להיות מוצבים ביותר ויותר טיסות.
בחודשים שלאחר הפיגוע, הגיעו מאות אנשי תעופה, נציגים של חברות תעופה גדולות ומומחים לתעופה מכל רחבי העולם לישראל, לחזות וללמוד על נוהלי האבטחה של חברות תעופה ישראליות ובראשן חברת אל על.
נוהלי בידוק הנוסעים בנקודות הביקורת השונות בנמלים עברו גם הם מספר שינויים משמעותיים. ביום הפיגועים, חלק מהמחבלים הפעילו את גלאי המתכות, אולם הם הורשו לעלות לטיסה לאחר שבדיקה עם גלאי מתכות ידני לא העלתה דבר חריג. בנמלי תעופה רבים בעולם כיום, הנוסעים עוברים חיפוש יסודי הכולל טפיחה על הגוף נוסף למעבר עם גלאי מתכות. ארצות הברית אף הקימה גוף ממשלתי מיוחד בשם רשות ביטחון התחבורה (Transportation Security Administration) שהוכפף למחלקה לביטחון המולדת. תחום אחריותו של הגוף החדש כולל אבטחה תקינה ומסודרת של כל סוגי התחבורה במדינה, ובפרט האבטחה בנמלי התעופה.
מאז 11 בספטמבר, בוצעו מספר ניסיונות ללא הצלחה של פיגועים במטוס, כמו ניסיון פיגוע באמצעות נעליים ממולכדות כמה חודשים לאחר 11 בספטמבר. החשש מניסיונות פיגוע ממשיך להכתיב נוהלי הגנה גם על הקרקע עד היום. לדוגמה: אחד מפעולות האבטחה הרבות שננקטו לקראת אולימפיאדת לונדון (2012) הייתה הצבת סוללות טילי נ"מ ברחבי העיר, על מנת שבמקרה של ניסיון לפיגוע כזה יוכלו ליירט את המטוס.
הפיגועים זעזעו את המערכת הכלכלית בארצות הברית והשפיעו אף על שוקי העולם.[1] הבורסה לניירות ערך בניו יורק לא נפתחה באותו בוקר ונשארה סגורה עד 17 בספטמבר. עם פתיחתה, נפל מדד הדאו ג'ונס ב-684 נקודות, או 7.1%, וקבע שיא של ירידה שלילית ביום אחד.[2] עד לסוף השבוע ירד הדאו ב-14.3%, שהייתה בזמנו הירידה הגדולה ביותר בשבוע אחד בהיסטוריה. בתרגום לדולרים, מניות ארצות הברית הפסידו ערך של 1.4 טריליון דולר בשבוע אחד.[3] הדולר האמריקאי איבד אחוז גדול מערכו ביחס למטבעות בולטים אחרים דוגמת האירו, הלירה שטרלינג והין היפני. גם בבורסות בעולם נרשמה צניחה חדה במדדים בעקבות הפיגועים.
בניו יורק, 430,000 חודשי עבודה ומשכורות בסך של 2.8 מיליארד דולר אבדו בשלושת החודשים שלאחר הפיגועים – משרדים נסגרו, יוזמות הוקפאו, והצמיחה האטה. ענפי הייצוא היו הנפגעים החמורים ביותר.[4] התוצר המקומי הגולמי של העיר איבד 27.3 מיליארד דולר מערכו בשלושת החודשים האחרונים של 2001 ובמשך כל 2002. 18,000 עסקים קטנים במנהטן תחתית נהרסו או עברו מקום, בעיקר אלו שהיו קרובים למרכז הסחר העולמי. כתוצאה מכך, מקומות עבודה בעיר אבדו. 2,960,000 מטר רבוע של אזורי משרדים ועסקים במנהטן תחתית נפגעו או נהרסו.[5]
השלטון הפדרלי העביר לעיריית ניו יורק 11.2 מיליארד דולר לסיוע מיידי כבר בספטמבר 2001, ובתחילת 2002 הועברו לעיר עוד 10.5 מיליארד דולר בשביל פיתוח כלכלי ובנייה מחדש של האתרים שנהרסו.[1] כ-400,000 איש איבדו את מקום עבודתם בעיר ניו יורק כתוצאה מהפיגועים, ואף ענף התיירות נפגע קשות. פגיעה משמעותית נרשמה גם בענף הביטוח עקב הפיצויים העצומים שחברות הביטוח נאלצו לשלם, שהגיעו לעשרות מיליארדי דולרים. בעקבות הפיגועים האמירו מחירי הביטוח ברחבי העולם.[6] ענף התעופה שחווה קשיים כלכליים כבר לפני המתקפה נפגע עוד יותר לאחר שחברות התעופה נאלצו לשלם פיצויים למשפחות הקורבנות שהיו על המטוסים, ולהחזיר לנוסעים, שלא יכלו לטוס עקב סגירת המרחב האווירי של ארצות הברית, את כספם.[7]
הפיגועים גם הובילו בעקיפין למלחמותיה של ארצות הברית באפגניסטן ובעיראק,[8] ולעוד הוצאות נוספות הקשורות לביטחון הפנים. כל הוצאות הביטחון מסתכמות בלפחות חמישה טריליון דולר.[9]
מאות אלפי טונות של למעלה מ-2,500 חומרים רעילים התפזרו באוויר בעקבות קריסת מגדלי מרכז הסחר העולמי.[10] הנפגעים העיקריים מכך היו עובדי החילוץ וההצלה ואזרחים שגרו או עבדו בסמוך לאזור האסון. הממשל הודיע כי האוויר באזור חזר למצבו קודם לפיגוע רק ביוני 2002.[11] 18,462 אנשים קיבלו טיפול רפואי הקשור לנזקים שנגרמו בעקבות אותם רעלים.[12]
ג'יימס זדרוגה (8 בפברואר 1971 - 5 בינואר 2006), בלש במשטרת העיר ניו יורק, מת ממחלה נשימתית ששויכה לפעילותו להצלת הנפגעים מחורבות מגדלי התאומים בימים שלאחר 11 בספטמבר. זדרוגה היה השוטר הראשון ממשטרת העיר ניו-יורק שמותו שויך לפעילות זו.[13] זדרוגה, שעבד במשטרה מ-1992, היה בריא, לא מעשן וללא היסטוריה של אסתמה או מחלה נשימתית אחרת, לפני שעסק במשך 450 שעות במהלך החילוץ וההצלה באתר הפיגוע. חודשים ספורים לאחר מכן, החל זדרוגה לסבול משיעול, קוצר נשימה עד שלבסוף לא היה מסוגל ללכת יותר מ-30 מטר מבלי להתנשף.[14] לאחר דיון ממושך הקרן לפיצוי קרבנות 11 בספטמבר העניקה לו ב-2004 מיליון דולר.
ב-14 באוגוסט 2006, חתם מושל מדינת ניו יורק דאז, ג'ורג' פטקי, על חוק המכליל בהרוגי הפיגוע גם את הנפטרים ממחלות סרטן או נשימה המשויכות לתוצאות הפיגוע.[15] במהלך טקס חתימת החוק, שהתרחש באתר הפיגוע, הזכיר המושל את זדרוגה.[16] הדבר גרם לכך שרבים שמחלתם לא הייתה קשורה בהכרח לפיגוע הגישו בקשה לפיצויים.[17]
בהמשך לכך, הממשל הפדרלי חוקק חוק דומה ביוזמת הסנאטור בוב מננדז וחברת בית הנבחרים קרולין מלוני. החוק אושר בספטמבר 2010 בבית הנבחרים, אך כשהגיע החוק לאישור הסנאט, נתקל בהתנגדות עזה מצד המפלגה הרפובליקנית. פיליבסטר מנע בסופו של דבר את אישור החוק ב-9 בדצמבר 2010, כש-57 הצביעו בעד ו-40 נגד, אולם לפחות 60 קולות בעד נדרשים כדי לעבור להצבעת אישור החוק. החוק אושר לבסוף ב-22 בדצמבר 2010, ונחתם על ידי נשיא ארצות הברית ברק אובמה ב-2 בינואר 2011.
החוק הקצה 4.2 מיליארד דולר לגוף מיוחד - תוכנית הבריאות של מרכז הסחר העולמי, העובדת תחת מנהלת הבטיחות והגיהות האמריקאית (NIOSH) המסונפת למרכז לבקרת מחלות ומניעתן (CDC). לתוכנית הבריאות רשת מרפאות באזור ניו יורק, המעניקה בדיקות וטיפולים לחולים שמחלתם מקורה בתוצאות הפיגוע.[18]