חוניו השני (המאה ה-3 לפנה"ס) היה כהן גדול מבית חוניו בבית המקדש, בנו של הכוהן הגדול שמעון הראשון.[1]
חוניו היה צעיר לימים כשנפטר אביו ולכן לא התמנה לתפקיד הכוהן הגדול. את שמעון אביו ירש אלעזר אחיו של שמעון, ולאחר שהוא נפטר, נמסר התפקיד למנשה שהיה דודו של שמעון. רק לאחר פטירתו התמנה חוניו לתפקיד.[2]
חוניו השני פעל במחצית השנייה של המאה ה-3 לפנה"ס, בתקופה ההלניסטית, בתקופת שלטונו של מלך מצרים תלמי השלישי. זו הייתה תקופת המאבק שבין בית תלמי לבית סלאוקוס על השליטה באזור שהביאה למלחמה הסורית השלישית. חוניו השני, שהאמין בניצחון בית סלאוקוס, סירב לשלם לתלמי השלישי את המס של עשרים כיכר כסף. בעקבות סירובו איים שליח המלך, אתניון, בהחרמת הקרקעות של יהודה וחלוקתן בין אנשי הצבא. איום זה לא הביא לשינוי דעתו של חוניו.[3]
בן אחותו של חוניו, יוסף בן טוביה,[4] ניצל את ההזדמנות והציע לתלמי השלישי סכום כסף גדול כדי לקבל את זכות גביית המיסים שהועברה אליו.[5] בעקבות כך ירד מעמדו של תפקיד הכהן הגדול.
יוסף בן מתתיהו מתאר את חוניו השני כקמצן ושוטה שבהתנהגותו גרם לעליית מעמדו של יוסף בן טוביה.
בנו שמעון היה גם כהן גדול ונקרא שמעון השני. נכדו של חוניו השני היה הכהן הגדול חוניו השלישי שכיהן בתקופתם של סלאוקוס הרביעי ואנטיוכוס הרביעי.