מערכת החינוך באסטוניה מחולקת לארבע רמות הכוללות את החינוך הקדם-יסודי, חינוך יסודי, על-יסודי וגבוה. מערכת החינוך האסטונית מורכבת ממוסדות חינוך ממלכתיים, עירוניים, ציבוריים ופרטיים. ישנם כיום 589 בתי ספר באסטוניה.
במבחן פיז"ה בשנת 2018, השיגו בני ה-15 באסטוניה את התוצאות הטובות ביותר באירופה. בקריאה הם דורגו במקום ה-5 בעולם, במתמטיקה במקום ה-8 בעולם ובמדעים במקום הרביעי[1][2].
בשנת 1583, תחת השלטון הפולני, הוקם בטרטו בית-ספר ישועי וכן הוקם בעיר סמינר מתרגמים. הפעילות של בית הספר ושל הסמינר הופסקו ב-1629, כשטרטו נכבשה על יד שוודיה.
האוניברסיטה הראשונה הוקמה בדרפט בימי השלטון השוודי בשנת 1632 ושפת הלימודים הייתה גרמנית. היא נסגרה לאחר סיפוח האזור לאימפריה הרוסית ונפתחה מחדש בשנת 1802.
במחצית השנייה של המאה ה-17 הוקמו באסטוניה בתי ספר עממיים (folk-schools) במטרה ללמד קרוא וכתוב בשפה המקומית, כדי שהתלמידים יוכלו לקרוא את התנ"ך בשפתם. בשנת 1897 79.9% מתושבי אסטוניה ידעו קרוא וכתוב, רמה גבוהה בהרבה מהממוצע באימפריה הרוסית. בשנת 1920 נקבע חוק חינוך חובה לשש כיתות יסוד. בשנים 1959-1963 הורחב חינוך החובה לשמונה כיתות, ובשנים 1968-1988 לתשע כיתות. גם תחת שלטון ברית המועצות היה שפת הלימוד אסטונית וספרי הלימוד הוכנו באסטוניה על ידי מחברים אסטונים. דגש רב הושם באסטוניה, באותה תקופה על לימוד שפות זרות, אומנויות ומוזיקה[3].
בשנת 2005–2006, מתוך 601 מוסדות חינוך כלליים, בהם למדו 173,822 תלמידים, 31 נוהלו על ידי המדינה, 33 היו פרטיות והשאר היו בניהול הרשויות המקומיות. בשנת 2013–2014, קטן מספר המוסדות ל-544, בעקבות קיטון מספר התלמידים ל-135,392. 30 מהמוסדות אז היו בבעלות המדינה ומספר המוסדות הפרטיים עלה ל-47. שיעור התלמידים בבתי ספר פרטיים עלה מ-2.5% ל-5.1%[4].
בנוסף היו בשנת 2014 40 בתי ספר מקצועיים, 29 מהם נוהלו על ידי הממשלה[5] ו-8 מהם היו פרטיים.
בנוסף לתקצוב בתי ספר פרטיים, החוק מחייב את הרשויות המקומיות לשלם עבור התלמידים שמתגוררים בתחומם את התקצוב הממוצע שהם מתקצבים את תלמידיהם בבתי ספר שהם מנהלים, גם כשהם לומדים בבית ספר של רשות מקומית אחרת[6].
למנהלים בבתי ספר באסטוניה יש אוטונמיה נרחבת. הם חופשיים להעסיק ולפטר מורים, לקבוע את שכרם כל עוד אינו יורד מסף מינימום הנקבע על ידי המדינה, לקבל תרומות ולהרוויח כסף מהשכרת מבנה וציוד בית הספר[7].
על פי דו"ח ה-OECD משנת 2016, ההוצאה על חינוך באסטוניה נעה בין 5-6% מהתל"ג ומעל 98% ממנו הוא ציבורי. ההוצאה לתלמיד באסטוניה עומדת על בין 64%-82% מההוצעה הממוצעת במדינות ה-OECD[8].
השלטון המקומי מוציא בין 35-38% מתקציבו על חינוך. החינוך הקדם יסודי ממומן במלואו על ידי השלטון המקומי. עבור החינוך היסודי, התיכוני והחינוך המיוחד מקבלות הרשויות המקומיות תקציבים ייעודיים עבור משכורות מורים, הכשרת מורים, ספרי לימוד וארוחות. בתי הספר הפרטיים מקבלים תקצוב זהה לבתי הספר הציבוריים, והם יכולים לגבות בנוסף שכר לימוד[9]. התקצוב הזהה לבתי הספר הפרטיים הוא בתקציב המגיע מהממשלה ובנוסף, החל משנת 2011, חלה על הרשויות המקומיות החובה לתקצב בתי ספר פרטיים באופן דומה לתקצוב שהם נותנים לבתי ספר ציבוריים[10].
התקציב הניתן על ידי ממשלת אסטוניה לבתי הספר, הציבוריים והפרטיים, הוא לפי מספר התלמידים הלומדים בהם, אך גם לפי שיקולים אחרים, על מנת לאפשר תקציב סביר לבתי ספר באזורים כפריים מעוטי תלמידים.