יחס החילוף הנשימתי (באנגלית: respiratory exchange ratio, מסומן על ידי האות R) הוא היחס שבין ריכוז החמצן הנקלט בגוף בהליך הנשימה לבין ריכוז הפחמן הדו-חמצני הנפלט בתהליך זה.
אדם נינוח פולט 80 מולקולות של פחמן דו-חמצני לכל 100 מולקולות של חמצן הנקלט לתוך הדם בנימי הריאה.
במצב היציב, יחס זה שווה למנת הנשימה - respiratory quotient (RQ). מנת נשימה היא אירוע נשימה במיטוכונדריה (חמצון אווירני): R יכול להשתנות מ-0.7 ברקמת שומן ועד ל-1 בפחמימות. במצב היציב חומר הדלק העיקרי הוא שומן, משום ש-R באותם תנאים הוא בקירוב 0.8. ערך זה תלוי בין היתר בפחמימות. במצב שאינו יציב, למשל מצב בו קצב הלב עולה על 160 פעמיות לדקה, יכול יחס החילוף הנשימתי לעלות על 1, מכיוון שעם עליית החומציות בגוף עקב חוסר באספקת חמצן, נהפכים מאגרים של ביקרבונט חוץ תאי לגז פחמן דו-חמצני, אשר ננשף החוצה.