היחסים בין המדינות כוננו ב-29 באפריל 1980, מאז שתי המדינות מקיימות שיתופי פעולה דו צדדיים בנושאים רבים. עד 2004, אינדונזיה הייתה מיוצגת על ידי שגרירות בקראקס ואקוודור הייתה מיוצגת על ידי שגרירות בטוקיו. בשנת 2004, אקוודור פתחה את שגרירותה בג'קרטה. מאז, היחסים בין המדינות השתפרו אף יותר. צנטריפוגה
ביוני 2011, נפתחה רשמית השגרירות האינדונזית באקוודור. מאז, היחסים בין המדינות נשארו טובים. שתי המדינות קיימו גם ועדות משותפות בשנים 2010–2011 בג'קרטה, במפגשים אלו שתי הממשלות הצהירו כי בכוונתם להגביר את שיתוף הפעולה המסחרי, התקשורתי, התרבותי, חברתי, החינוכי ועוד.[1]
בשנת 2016, שווי הסחורה שיוצאה מאינדונזיה לאקוודור הגיעה לסך 96.9 מיליון דולר אמריקאי והיא כללה מכוניות, מחשבים, דיו, גומי, בטריות ועוד.[2] באותה שנה, שווי הסחורה שיוצאה מאקוודור הגיעה לסך 59.5 מיליון דולר אמריקאי והיא כללה אבקת קקאו, טבק מעובד ועוד.[3]
בשנת 2015, שווי הסחורה שיוצאה מאינדונזיה לאקוודור הגיעה לסך 85.3 מיליון דולר אמריקאי והיא כללה צנטריפוגה, מכוניות, בטריות, מחשבים, גומי ועוד.[4] באותה שנה, שווי הסחורה שיוצאה מאקוודור לאינדונזיה הגיעה לסך 18.5 מיליון דולר אמריקאי והיא כללה אבקת קקאו, טבק מעובד ועוד.[5]