היחסים הדיפלומטיים הרשמיים בין צ'כוסלובקיה לאינדונזיה כוננו ב-1950. אולם, היחסים ההיסטוריים בין המדינות החלו לאחר שממשלת צ'כוסלובקיה פתחה קונסולית כבוד בבטאוויה, בירת הודו המזרחית ההולנדית בשנת 1924. בשנת 1948, כמה שנים לאחר הכרזת עצמאותה של אינדונזיה, ממשלת צ'כוסלובקיה הכירה במדינה ולאחר מכן פתחה קונסוליה כללית בג'קרטה ב-7 במרץ 1950. ב-1957, הקונסוליה שימשה כשגרירות הרשמית של צ'כוסלובקיה באינדונזיה.[1]
בשנת 2016, שווי הסחורה שיוצאה מאינדונזיה לצ'כיה הגיעה לסך 321 מיליון דולר אמריקאי והיא כללה מחשבים, מוטות חשמליים, חולצות לגברים, גומי, תכשיטים ועוד.[2] באותה שנה, שווי הסחורה שיוצאה מצ'כיה לאינדונזיה הגיעה לסך 206 מיליון דולר אמריקאי והיא כללה טלפונים, חלקי מטוסים, אוכל לחיות ועוד.[3]
בשנת 2015, שווי הסחורה שיוצאה מאינדונזיה לצ'כיה הגיעה לסך 268 מיליון דולר אמריקאי והיא כללה קפה, מחשבים, מכשירי רדיו, כותנה גולמית ועוד.[4] באותה שנה, שווי הסחורה שיוצאה מצ'כיה לאינדונזיה הגיעה לסך 131 מיליון דולר אמריקאי והיא כללה שסתומים, מחשבים, מכסי פלסטיק ועוד.[5]