פגיעה של חברת מקורות באתר בשנת 1997, הביאה לחפירות נוספות שחשפו מבנה מלבני מהתקופה הקדם קרמית ב'.
בעקבות ההחלטה להקים את מחלף המוביל, חודשו בשנים 2008-2007 חפירות ההצלה במקום על ידי רשות העתיקות בראשות חמודי חלאילה, יניר מילבסקי, נמרוד גצוב, רועי לירן ואלה ירושביץ, שהתרכזו בשטחים מצפון לאתר הארכאולוגי, וזאת כדי לאפשר את בניית המחלף. בחפירות אלה נחפר שטח של כ-1,500 מ"ר.
החפירות השתרעו על פני ארבעה שטחים: F,G,H,I. בשטחים אלה התגלו שבע שכבות, לא כולן באותם שטחים.
השכבות שנמצאו מהמאוחר לקדום היו:
חפירות אלה אפשרו להעריך טוב יותר את גודל האתר בתקופה הנאוליתית הקדם קרמית ב', שהשתרע על שטח של כ-40 דונם. במקום נמצאו מבנים רבים שחלקם היו מבנים קהילתיים וחלקם מבני מגורים, המצביעים על התארגנות קהילתית. במקום נמצאו שלוש גולגולות מכוירות המצביעות על מנהגי פולחן. על אחת הגולגולות נמצאה מסכת טיח שלמה ששימרה את פני הנפטר, וכן חפצים שונים כגון קרן שלמה של שור הבר ועוד, המצביעים על טקסי דת ופולחן.
על בסיס התגליות הניחו החוקרים שבאתר יפתחאל התקיים יישוב מרכזי ממערב לנהר הירדן בתקופה הנאוליתית קדם קרמית ב', שניהל חיי חברה ופולחן מורכבים, בעל כלכלה מגוונת, שיצר לצריכה עצמית ולסחר חליפין עם יישובי הסביבה ויישובים מרוחקים.
בחפירות שהתקיימו בשנת 2008 התגלו באתר בתוך בור שנמצא בסמוך למבנה, 3 גולגולות מכוירות. בעיני הגולגולות שובצו שלוש צדפות, האף שוחזר במלואו וגם הפה.[1]
E. Braun. 1994. Yiftahel. Salvage and Rescue Excavations at a Prehistoric Village in Lower Galilee, Israel. Jerusalem: Internal Publication of the Israel Antiquities Authority.
Y. Garfinkel. 1987. Yiftahel: A Neolithic Village from the Seventh Millennium B.C. in Lower Galilee, Israel. Journal of Field Archaeology 14: 199–212.
Y. Garfinkel. 1987. Bead Manufacture at the Pre-Pottery Neolithic B Site of Yiftahel. Mitekufat Haeven (Journal of the Israel Prehistoric Society) 20: 79*–90*.
Y. Garfinkel. 1987. Burnt Lime Products and Social Implications in the Pre-Pottery Neolithic B Villages of the Near East. Paléorient 13/1: 68–75.
Y. Garfinkel, I. Carmi and J.C. Vogel. 1987. Dating of Horsebean and Lentil Seeds from the Pre-Pottery Neolithic B Village of Yiftahel. Israel Exploration Journal 37: 40–42.
Y. Garfinkel. and L.K. Horwitz. 1988. The Pre-Pottery Neolithic B Bone Industry of Yiftahel. Paléorient 14/1: 73–86.
Y. Garfinkel, M.L. Kislev and D. Zohary. 1988. Lentil in the Pre-Pottery Neolithic B Yiftahel: Additional Evidence of its Early Domestication. Israel Journal of Botany 37: 49–51.
I. Hershkovitz, Y. Garfinkel and B. Arensburg 1986, Neolithic Skeletal Remains at Yiftahel, Area C. Paléorient 12/1: 73–81.
L.K. Horwitz. 2003. Temporal and Spatial Variation in Neolithic Caprine Exploitation Strategies: A Case Study of Fauna from the Site of Yiftah’el (Israel). Paléorient 29: 19–58.
H. Khalaily, I. Milevsky and O. Marder. 2000. Yiftahel. Hadashot Arkheologiyot (Excavations and Surveys in Israel) 112: 23*–24*.
M.L. Kislev. 1985. Early Neolithic Horsebean from Yiftahel, Israel. Science 228: 319–320.
M. Lamdan and M. Davies. 1983. Le site de Yiftahel (Israel). L'Anthropologie 87: 273–274.
R. Malinowski and Y. Garfinkel. 1990, Prehistory of Concrete. Concrete International 13/3: 62–68.
J. Yellin and Y. Garfinkel. 1986. The Origin of Archaeological Obsidian from a Pre-Pottery Neolithic B Site at Yiftahel, Israel. Paléorient 12/2: 99–104.