מגבטס, (המאה ה-5 לפנה"ס) היה מצביא פרסי, שכישלונו במצור על האי נקסוס גרר את המרד האיוני.
על פי הרודוטוס מגבטס היה קרוב משפחתו של דריווש הראשון. הרודוטוס טוען גם שמאוחר יותר לאחר מלחמת פרס יוון ניסה המצביא הספרטני פאוסניאס לשאת לאשה את בתו של מגבטס.[1] אם כי תוקידידס טוען דווקא שפאוסניאס נישא לבתו של חשיארש הראשון.[2]
בשנת 501 לפנה"ס הגיש טיראן מילטוס אריסטגורס בקשה לארטפרנס הסטרפ של סרדיס לספק לו 200 ספינות מלחמה לצורך כיבוש האי נקסוס. ארטפרנס קיבל אישור משושן ונתן לאריסטגורס את הספינות. את מגבטס הוא צרף למשלחת כשותף לפיקוד עם אריסטגורס. אולם קצין יווני בשם סקילכס התרשל בשמירה על אחת מהספינות שהיו נתונות לפיקודו של מגבטס, זה האחרון העניש אותו באכזריות. אריסטגורס שסקילכס היה ידידו זעם על כך והעליב את מגבטס. כנקמה החליט מגבטס להכשיל את המסע, הוא שלח שליחים לנקסוס כדי שיודיעו שם על ההתקפה המתקרבת.[3] המצור הכושל ערך ארבעה חודשים ובסופו נאלצו הפרסים לסגת. המעשה גרר לבסוף מרד צד אריסגורס, המרד התפשט לכל איוניה וזכה לכינוי המרד האיוני.
חוקרים כגון משה עמית מפקפקים באמינות הסיפור, שכן לא נראה שמגבטס יבגוד במלכו רק לצורך נקמה אישית. ובהמשך הוא אף נזכר מדי פעם כממלא תפקידים צבאיים שונים. יש חוקרים הסבורים שהמצור נכשל לא באשמת מגבטס והפרסים האשימו את היוונים בכישלון.[4]
תוקידידס מזכיר גם שמגבטס היה הסטרפ של דאסקיליון והוחלף בארטבזוס בהוראת חשיארש הראשון.[5]