מגילת המקדש היא המגילה הארוכה מבין מגילות מדבר יהודה; אורכה הוא כ-8.15 מטרים. המגילה היא חיבור הלכתי, הכולל נוסח משוכתב של חלקים מן התורה. המגילה עוסקת במועדים ופרטי ההלכות של חגים ומועדים, מהם כמה שאינם מוכרים לנו כיום, הלכות בית המקדש ובניינו, באופן המשלים את הידוע לנו מן התורה לגבי בית המקדש, תורת המלך והלכות המינהל הציבורי. המגילה נכתבה בתקופה החשמונאית, והחוקרים חלוקים בשאלת מחברהּ, והאם המגילה הייתה שייכת לכת האיסיים. פרסומה של מגילת המקדש הסיט את מוקד המחקר של מגילות קומראן. עד פרסום מגילת המקדש חקרו רק חוקרים מעטים את ענייני ההלכה במגילות, ורוב החוקרים עסקו בעיקר בהיבטים התאולוגיים הקשורים לתוכנן של המגילות; ואולם לאחר פרסומה של מגילת המקדש, הם פנו לדון בהלכה המשתקפת במגילות שנמצאו בקומראן.
מגילת המקדש נתגלתה לראשונה בסוף ינואר או תחילת פברואר 1956, כנראה במערה 11 (11QT), על ידי בדואים משבט התעמרה. והייתה אצל סוחר העתיקות חליל איכסנדר שהין (אשר כונה 'כנדו'), שהתגורר בבית לחם והיה מעורב בקניית המגילות הראשונות עוד ב-1947. ב-8 ביוני 1967, במהלך מלחמת ששת הימים הגיעו לביתו אנשי יחידת המודיעין 504,[1] ולקחו את המגילה. הטענה הייתה שהמגילה הגיעה לסוחר בניגוד לחוק הירדני. לאחר משא ומתן הסוחר פוצה בסכום של כ-115,000 דולר על ידי המדינה. עם פתיחת המגילה, התברר שהיא כוללת שישים ושישה טורים ושאורכה 8.15 מטרים. מכיוון שהעמוד הראשון לא נתגלה, יש לשער כי אורכה היה קרוב ל-9 מטר. היא גולגלה מן הפנים לחוץ בגלילה בודדת, כלומר הדף הראשון היה החיצוני בגלילה, והאחרון – הפנימי ביותר. המגילה מורכבת מ-19 יריעות גוויל (קלף) דקות ביותר, שנתפרו בעזרת חוטים, בכל יריעה שלושה או ארבעה עמודים.
עשר שנים לאחר רכישתה פרסם יגאל ידין מהדורה עברית של מגילת המקדש בשלושה כרכים, הכוללת מבוא מפורט, בייחוד בענייני הלכה, פירוש של כמעט כל מילה וכן כרך שלם של תצלומים.[2] שש שנים לאחר מכן ראה אור הנוסח האנגלי של המגילה.[3] מהדורה חדשה פורסמה על ידי אלישע קימרון ב-1996. קימרון השתמש בכל כתבי היד של המגילה, על כל קטעיהם, והצליח לקרוא הרבה אותיות שלא פוענחו על ידי ידין. קימרון העמיד קריאה הרבה יותר מדויקת ושלמה מזו של ידין, ואף הציע הרבה שחזורים חדשים, שהם שונים משחזוריו של ידין.[4]
מגילת המקדש הועתקה על ידי סופר אחד, להוציא את היריעה הראשונה של המגילה, שככל הנראה התבלתה והוחלפה בימי קדם בידי סופר אחר. המגילה נכתבה עברית בכתב מרובע הרודיאני, בסגנון שידין הגדירו "כתב מהודר למחצה", ולכן כתב היד תוארך לתקופה ההרודיאנית. קטע מעותק אחר של מגילת המקדש מתוארך לתקופה החשמונאית, כלומר כמה עשרות שנים לפני הורדוס. לפיכך ולפי סימנים אחרים, תיארך ידין את המגילה למחצית השנייה של המאה השנייה לפנה"ס.[5] מאחר שאחד מכתבי היד תוארך לסוף המאה השנייה לספירה, קבע ידין, שמגילת המקדש חוברה לפני שנת 100 לפני הספירה. את תאריך החיבור (להבדיל מתאריך העתקה) ניסה ידין לייחס לימי יוחנן הורקנוס הראשון (104–134) או מעט קודם לכן.[6] הוא הבחין במגילה בכמה פולמוסים עם החשמונאים, ואף מצא בתורת המלך אזכור להריגתו של יונתן החשמונאי. דעתו הייתה כי המגילה נכתבה על ידי מחבר אחד. דעה שונה ומנוגדת לכך העלה החוקר הלמוט שטגמן, הוא טען כי מגילת המקדש שונה משאר המגילות מקומראן ביחסה החיובי למקדש, למלך ולכהונה. ולכן היא לא חוברה על ידי סופר שהיה שייך לכת קומראן. הוא סבר שיש לתארך את חיבור מגילה לתקופת עזרא ונחמיה, כלומר לאמצע המאה החמישית לפני הספירה.[7] אולם טענתו איננה מקובלת על רוב החוקרים, אשר מעדיפים את תיארוכו של ידין. ידין טען כי המגילה חוברה על ידי מורה הצדק, מנהיגה ומייסדה של כת קומראן, בסביבות 150 לפנה"ס, וכי יש לזהות את מגילת המקדש כחיבור ה-'חוק ותורה' אשר שלח 'מורה הצדק' ל'כהן הרשע'.[8] אולם טענה זו איננה מקובלת כיום על רוב החוקרים. חנן אשל לדוגמה טוען כי מגילת המקדש לא חוברה על ידי סופר שהיה שייך לכת היחד, לטענתו המגילה היא מגילה קדם כיתתית.[9]
מגילת המקדש היא שכתוב של חלקים מן התורה הקנונית, למן המצווה לבנות את המשכן בסוף ספר שמות ועד לסוף החלק ההלכתי בספר דברים. המחבר ביקש לארגן את החומר שבספרים השונים של התורה מחדש וארגנו לפי נושאים. תוך כדי עבודתו שילב פירושים הלכתיים משלו, ולפעמים אף הוסיף משפטים שלמים. רק בעניין "תורת המלך" חיבר סעיפים ארוכים משלו.[10]
מגילת המקדש שייכת לסוגה ספרותית שנקראת "מקרא משוכתב"; כלומר, המגילה משכתבת חזרה את התורה (להוציא ספר בראשית), תוך הבאת פרקים שלמים מהתורה ושינוי לשון הכתוב לגוף ראשון, כדי שלא יהיה ספק כי אלוהים אמר כתובים אלו, וכן היא מדגישה כי הדברים רק הועלו על הכתב בידי משה רבנו. השם המפורש נכתב בכתב רגיל, בניגוד לכמה מן המגילות האחרות שנמצאו בקומראן – דבר שלדעת ידין מלמד על העובדה כי בני הכת ראו בספר חלק מן התורה. עורך המגילה התמקד בשכתוב החוקים המופיעים בתורה במקומות שונים, וכמעט בכל פרשה במגילה שולבו מספר מקורות המופיעים בתורה. לצורך כך היה על המחבר לפרש את הקטעים השונים מהתורה, כך שהטקסט יהיה ברור ולא יהיו בו סתירות ואי-התאמות. כיוון שניתן להשוות את נוסח המגילה לתורה, ניתן לראות את דרכי עבודתו של עורך המגילה, ללמוד מה היה חשוב בעיניו, מה הוא הדגיש, מה הוא שינה וכיצד פתר את הסתירות שקיימות בתורה. פרסומה של מגילת המקדש הסיט את מוקד המחקר של מגילות קומראן. עד פרסום מגילת המקדש חקרו רק חוקרים מעטים את ענייני ההלכה במגילות, ורוב החוקרים עסקו בעיקר בהיבטים התאולוגיים הקשורים לתוכנן של המגילות, לעומת זאת לאחר פרסומה של מגילת המקדש הם פנו לדון בהלכה המשתקפת במגילות שנמצאו בקומראן.[16]