מזכיר צבאי הוא יועץ מטעם הצבא לממלא תפקיד ציבורי בכיר, אשר מתאם בין ממלא התפקיד ובין הצבא, ומייעץ לו בסוגיות של צבא וביטחון.
ישנן מדינות, כמו בריטניה, שבהן יש למזכיר הצבאי סמכויות רישמיות משמעותיות, כגון אחראיות על המינויים והמשמעת של הקצונה הבכירה. בישראל, לעומת זאת, תפקידו מסתכם בעדכון מודיעני לנושא המשרה בלבד; גם אם אין לו השפעה כלל על תפקודו של הצבא, כמו במקרה של נשיא המדינה, שלא מהווה חלק מצמתי קבלת ההחלטות במדינה בנושאי ביטחון.
בבריטניה מתקיימת משרת מזכיר צבאי לשר ההגנה משנת 1795.
בישראל מתקיימות שלוש משרות של מזכיר צבאי:
בעבר היו דרגותיהם של המזכירים הצבאיים נמוכות יותר (סגן-אלוף ואחר כך אלוף-משנה למשל נחמיה ארגוב). כאשר ראש הממשלה הוא גם שר הביטחון, מכהן אדם אחד כמזכיר צבאי לראש הממשלה ושר הביטחון (למשל דני יתום, אשר עשה כן בתקופה שיצחק רבין היה ראש הממשלה ושר הביטחון וגדי איזנקוט, אשר שירת תחת אהוד ברק כראש ממשלה ושר ביטחון[1] ולאחר שנבחר אריאל שרון שימש כמזכירו הצבאי מספר חודשים[2]).