מטאלפרוטאז (או: מטאלופרוטאינאז) הוא שם כללי בביוכימיה לאנזים המזרז את ריאקציית ההידרוליזה של פפטידים באמצעות שימוש ביון מתכת. השם מטאלופרוטאזות מגדיר את המשפחה הגדולה של אנזימים אלה, שהיא תת-משפחה של משפחת הפרוטאזות.
האתר הפעיל של אנזימים המשתייכים למשפחת המטאלופרוטאזות מכיל יון מתכת כקופקטור ההכרחי לצורך הפעילות האנזימטית. ברוב המקרים יון זה הוא יון אבץ (Zn+2), הגורם לשפעול של מולקולת מים כנוקלאופיל אשר יתקוף את הקבוצה הקרבונילית בפפטיד. בנוסף, יון המתכת מייצב מטען שלילי ויכול לשמש כאלקטרופיל.