מיקרו מאובן הוא מאובן שגודלו בדרך כלל קטן מ-1 מילימטר, שהמחקר שלו מצריך שימוש במיקרוסקופ אור או מיקרוסקופ אלקטרוני.[1] מאובן שניתן לחקור בעין בלתי מזוינת או בהגדלה נמוכה, כגון עדשת יד, מכונה מקרו-מאובן (אנ').
המחקר של מיקרו-מאובנים מכונה מיקרו-פלאונטולוגיה (אנ'). זהו אחד התחומים המתפתחים ביותר בתחום הפלאונטולוגיה, הוא מצריך שימוש בציוד מעבדה מתקדם, ומהווה חלק חשוב בחיפושי גז טבעי ונפט.[1]
מיקרו מאובנים מהווים חלק מהתיעוד הגאולוגי, מתקופת פרקמבריון ועד ההולוקן. הם נפוצים ביותר במרבצים של סביבות ימיות, אך מופיעים גם במים מליחים, מים מתוקים ומרבצי משקע יבשתיים. תיעוד המיקרו-מאובנים מכיל נציגים של כל הממלכות מההיסטוריה של החיים, אך הצורות הנפוצות ביותר הן שלדי פרוטיסטים או ציסטות מיקרוביאליות מה-דינופלגלטים, Sarcodina, acritarchs and chitinozoans וכן אבקה ונבגים מצמחים וסקולריים.
מחקרים רבים על מיקרו-מאובנים שופכים אור על ההיסטוריה העתיקה של כדור הארץ - מיליארדי שנים לפני התפתחות של יצורים רב-תאיים שיכלו להשאיר מאובנים גדולים יותר. עם זאת חקר של מיקרו מאובנים יכול לספק ראיות גם במחקרים של תקופות מאוחרות יותר, כולל מחקרים הנוגעים לארכאולוגיה והיסטוריה אנושית. כך מחקר אחד נערך על מיקרו מאובנים של צמחים, כגון גרגרי עמילן ופיטוליטים, שנמצאו במשקעים, כלי אבן, ובאבנית שיניים מאלרַּקַּה בסוריה כדי לסייע בהבנת התזונה באותה תקופה [1]