מערכת הביטחון הרוסית הוא הכינוי למכלול הארגונים העוסקים בהגנה על ביטחונה של רוסיה, כלומר על הגנת תושביה מפני אויבים מבחוץ ומבית. לכל אחד מהגורמים במערכת הביטחון סמכויות משלו, אך לעיתים נדרשת הכרעה בשאלה מי הגורם שיתמודד עם איום ביטחוני מסוים. בין הגורמים השונים מתקיימים אינטראקציה ושיתוף פעולה, לשם מימושן של מטרות משותפות. על רקע שאלת ההכרעה ישנה יריבות נסתרת בין ארגוני הביטחון השונים, בייחוד בין משרד הפנים של רוסיה ושירות הביטחון הפדרלי של רוסיה.
המשטרה הצבאית הרוסית: אחראי על אכיפת החוק הצבאי, שמירה על מעברי הגבול והגנה מפני אויבים חיצוניים אשר נמצאים בתוך גבולותיה בעת מלחמה. אחראי על הכליאה הצבאית.
נועד להגן על המדינה מפני חתרנות פנימית המסכנת את ביטחונה או מפרה את חוקיה. הוא אחראי בין השאר על סיכול טרור, סיכול ריגול ואבטחת מידע.
משמר הגבול הפדרלי: זרוע של שירות הביטחון האחראית על ביטחון הפנים, הגנת הגבולות ואזורי הספר, שיטור כפרי, לוחמה בטרור וסיוע למשטרה באירועים כגון הפרות סדר ואירועים ביטחוניים.
הוועדה לבחינת הכנסות התקציב הפדרלי לצורכי הגנה, ביטחון לאומי ופעילויות אכיפת חוק
מערכת הביטחון כפופה לביקורת מטעם המועצה לביטחון לאומי באמצעות הוועדה הבין-גופית לביטחון צבאי שבראשה עומד הרמטכ"ל הרוסי והוועדה הבין-גופית לביטחון הציבור, שאותה מנהל שר הפנים של רוסיה.
ועדת החקירות - אחראית לפענוח תיקי חקירה של פשיעה חמורה. הוועדה כפופה לנשיא ואחראית לכל תיקי החקירה במדינה. מאגדת את כל ארגוני החקירה הרוסיים וכוללת גם חוקרים משירות הביטחון, משרד התובע הכללי ומשטרת הפדרציה הרוסית.