סגן הכהנים הוא התואר לכהן האחראי על עבודת כל הכהנים בבית המקדש. כמו כן, הסגן מיועד להחליף את הכהן הגדול אם ייפסל לעבודת המקדש. לפיכך היה הסגן השני בחשיבותו לכהן הגדול, כפי שמעיד רבי חנינא סגן הכהנים:
אמר רבי חנינא סגן הכהנים: למה סגן ממונה? שאם אירע בו פסול בכהן גדול, נכנס ומשמש תחתיו.
פעמים רבות מופיע התואר במקורות רק בביטוי "הסגן".
כך למשל מוזכר סגן הכהנים במשנה העוסקת בעבודת יום הכיפורים במקדש:
טָרַף בַּקַּלְפִּי, וְהֶעֱלָה שְׁנֵי גּוֹרָלוֹת, אֶחָד כָּתוּב עָלָיו: לַשֵּׁם, וְאֶחָד כָּתוּב עָלָיו: לַעֲזָאזֵל. הַסְּגָן מִימִינוֹ, וְרֹאשׁ בֵּית אָב מִשְּׂמֹאלוֹ. אִם שֶׁל שֵׁם עָלָה בִּימִינוֹ, הַסְּגָן אוֹמֵר לוֹ: אִישִׁי כֹּהֵן גָּדוֹל, הַגְבַּהּ יְמִינְךָ; וְאִם שֶׁל שֵׁם עָלָה בִּשְׂמֹאלוֹ, רֹאשׁ בֵּית אָב אוֹמֵר לוֹ: אִישִׁי כֹּהֵן גָּדוֹל, הַגְבַּהּ שְׂמֹאלְךָ.
ומשנה זו פירש רש"י בשם רבותיו כך:
למה סגן מימינו כו', שהולך תמיד לימינו, כך אמרו בשם ר' יצחק הלוי. ואני שמעתי מרבינו יצחק בר יהודה: למה סגן ממונה, שאם יארע פסול, אבל כל זמן שלא יארע בו פסול אין הסגן עובד שום עבודה בעולם.
— מתוך פירוש רש"י לתלמוד על משנה זו
ביטוי נוסף לחשיבותו של הנושא במשרת הסגן אנו רואים במעמד ניחום אבלים בו משתתף הכהן הגדול:
כשהוא עובר בשורה לנחם את אחרים סגן ומשוח שעבר[1] בימינו וראש בית אב, אבלים וכל העם משמאלו וכשהוא עומד בשורה ומתנחם מאחרים סגן מימינו וראש בית אב וכל העם משמאלו.
שנים משלושת הסגנים הידועים לנו בשמם מן הספרות התלמודית או יוסיפוס פלביוס הם: רבי חנינא סגן הכהנים ואלעזר בן חנניה.
ההיסטוריון שמואל ספראי סובר שתפקיד הסגן נוצר על ידי הפרושים על מנת לפקח על הכהן הגדול, שכן מאז ימי שלטון בית חשמונאי היו תקופות שבהן החזיקו במשרת הכהן הגדול כהנים שנמנו על כת הצדוקים בפרהסיא או בסתר, והיה צורך במשגיח מיוחד מטעם הפרושים כדי לוודא שהכהן הגדול אינו סוטה מדרך העבודה הפרושית[2].