לאחר שחרורו מצה"ל, פנה כסיף ללימודי פילוסופיה לתואר ראשון באוניברסיטה העברית. הוא עשה דוקטורט בפילוסופיה פוליטית בבית הספר לכלכלה של לונדון; כותרת הדוקטורט שלו (בתרגום חופשי לעברית) היא "על לאומיות ודמוקרטיה: בחינה מרקסיסטית".[5] בעבודה זו טוען כסיף כי הדמוקרטיה הליברלית, הלאומית והקפיטליסטית מצויה בסתירה פנימית: מחד היא מעודדת את ערכי החירות אשר בתורם מובילים לאינדיבידואליזם, היעדר תחושת שייכות ומשבר זהותי, ומאידך היא מעודדת ערכים לאומיים אשר אומנם מאפשרים גיבוש זהות משותפת אך מובילים לפגיעה בחירויות הפרט ולחוסר שוויון בין הקבוצות האתניות השונות ובכך המדינה מפרה את הערכים הליברליים של עצמה. הפתרון לשיטתו הוא מעבר למדינה סוציאליסטית שכן בה הערכים הליברליים לא יימצאו בסתירה עם הזהות המשותפת לכלל האזרחים. לאחר סיום הדוקטורט המשיך כסיף ללימודי פוסט-דוקטורט באוניברסיטת קולומביה בניו יורק.
לקראת הבחירות לכנסת העשרים וארבע הוצב כסיף במקום השלישי במפלגת חד"ש, ובמקום השישי ברשימה המשותפת, ונבחר לכנסת.
ב-9 באפריל 2021 במסגרת מחאה של פעילים ישראלים ופלסטינים נגד פינוי משפחות מבתיהן בשכונת שייח' ג'ראח שבירושלים, נוצר עימות בין כסיף לשוטרים שניסו לעוצרו, הוא הוכה ומשקפיו נשברו. המחלקה לחקירות שוטרים (מח"ש) חקרה את האירוע וסגרה את התיק נגד השוטרים לאחר שהחקירה העלתה כי השוטרים השתמשו בכוח סביר. חברי כנסת מימין ומשמאל, ובהם יו"ר הכנסת לשעבר, יריב לוין, גינו את התנהגות המשטרה.[16]
ב-8 בספטמבר 2021 כינה את ששת האסירים הביטחוניים שברחו מבית הסוהר גלבוע "אסירים פוליטיים" וקרא לשחרורם של האסירים הביטחוניים בישראל. בראיון לכאן 11 טען שדבר נפוץ הוא שמנהיגים של עמים שחיים תחת משטר דיכוי נכלאים על ידי השלטונות ומוגדרים על ידם כטרוריסטים, והביא כדוגמה את נלסון מנדלה ומאיר פיינשטיין.[17][18]
באוגוסט 2022 דורג בפַּרלמטר של "שקוף" והוכתר כשיאן בהגשת הצעות לסדר.[19]
ב-7 בינואר2024 חתם כסיף על עצומה שתומכת בתלונת דרום אפריקה נגד ישראל בגין רצח עם בבית הדין הבין-לאומי לצדק (ICJ). לטענתו של כסיף, התנהלות הממשלה במלחמת חרבות ברזל עולה לכדי הסתה לטיהור אתני ורצח עם.[24][25] ח"כ עודד פורר ממפלגת "ישראל ביתנו" החל לאסוף למחרת הפרסום 70 חתימות הנדרשות לפתיחת הליך להדחתו של כסיף מהכנסת.[26][27] 85 ח"כים חתמו על פתיחת ההליך להדחתו.[28] החוק בישראל מאפשר להדיח חבר כנסת רק בשל העילות המפורטות בסעיף 7א לחוק יסוד: הכנסת, ופסילת כסיף בעילה של תמיכה במאבק מזוין כנגד ישראל נתקלה בקושי מול הביקורת השיפוטית.[29] על אף התנגדות הייעוץ המשפטי, ב-30 בינואר 2024 אישרה ועדת הכנסת את הדחתו, בעילה של תמיכה במאבק המזוין של ארגון החמאס. הוועדה הסבירה כי לדידה, הואיל וההליך המשפטי בהאג עשוי היה להביא להישג אסטרטגי לחמאס בשעת מלחמה, הרי שהתמיכה בו והקריאה לעצירת הלחימה עולה לכדי תמיכה במאבק מזוין של ארגון טרור.[30] ב-19 בפברואר 2024 נערכה במליאת הכנסת הצבעה על הדחתו בעילה זו, אולם הצביעו רק 86 בעד, ולא הושג הרוב הנדרש של 90 חברי הכנסת, ולכן הוא לא הודח.[31] עם זאת, ועדת האתיקה של הכנסת החליטה להרחיקו לחצי שנה מדיוני המליאה והוועדות, וקנסה אותו בשכר של שבועיים.[32]
הכיבוש הישראלי: כסיף מתנגד בנחרצות לשליטת ישראל ביהודה ושומרון ובמזרח ירושלים וליחסה לרצועת עזה. השווה מספר פעמים בין הכיבוש וההתנגדות אליו לפשעי הנאצים ולפרטיזנים.[33] בסוף אוקטובר 2022 אמר ביחס לפיגוע שבו נרצח רונן חנניה כי "אנחנו בעד התנגדות בלתי אלימה לכיבוש, אבל צריך להבין שהכיבוש הוא אחראי להתנגדות, כאשר יום-יום שעה-שעה יש פוגרומים של מתנחלים נגד פלסטינים. אז האחריות היא עליהם".[34] על המאחזים כתב "המאחזים הם לא פחות מאשר קיני טרור מתנחלי".[35]
תאונות עבודה: בשנת 2020 קידם הצעת חוק להקמת רשות לאומית למלחמה בתאונות עבודה, בהתאם למסקנותיה של ועדת אדם לקידום הבטיחות והבריאות בעבודה, שלא יושמו מאז 2014. לדבריו "תאונות בנייה הן לא תוצאה של כוח עליון, אלא של רשלנות פושעת והיעדר הדרכה ואכיפה. שנים לאחר המלצת ועדת אדם להקים גוף אחוד לבטיחות בתעסוקה, הנושא לא התקדם במילימטר. זה הצעד הראשון והחשוב בדרך לפתרון אמיתי לטרגדיית התאונות במקומות העבודה".[39]
ציונות: כסיף מגדיר את עצמו כאנטי־ציוני, וטוען: "אני מתנגד לאידאולוגיה ולפרקטיקה הציונית. אני טוען כמו חבריי, שזו פרקטיקה ואידאולוגיה גזענית, שדוגלת בעליונות יהודית".[40] הוא הביע תמיכה בביטול חוק השבות והגדיר אותו גזעני.[41]
פשיעה בחברה הערבית בישראל: כסיף השתתף במחאות נגד הפשיעה בחברה הערבית, כמו ב"צעדת האמהות". הוא רואה במחאה נגד הפשיעה מחאה גם נגד הגזענות כלפי האזרחים הערבים וההזנחה ארוכת השנים של החברה הערבית.[42] כסיף גורס כי מדובר בתוצאה של מדיניות אפרטהייד ישראלית, שרוצה בהשתוללות הפשיעה בחברה הערבית ככלי של שליטה עליה.[43] הוא רואה את שורש בעיית הפשיעה ביחס אל האזרחים הערבים "כאל אויבים במקרה הרע או אורחים במקרה הטוב", ואומר שלא יהיה פתרון אמיתי בלי שוויון מהותי.[44]
מגפת הקורונה: כסיף תמך בחיסונים נגד מחלת הקורונה וקרא לציבור להתחסן. בנוגע להחלטות הממשלה בנושא - הוא דרש לחשוף את דיוני קבינט הקורונה בשקיפות מלאה בנימוק שהסתרת הדיונים מאזרחי ישראל למשך 30 שנה ערערה את הסולידריות החברתית ויצרה מוטיבציה לא להתחסן.[45][46]
בנאומו הראשון בכנסת ה-21 אמר: "צדק הרב קוק כאשר כתב ש'ראויה האנושות שתתאחד כולה למשפחה אחת, וחדלו אז כל התׅגרות וכל המידות הרעות היוצאות מחילוקי עמים וגבולותיהם'.[52] אבל משנתו נגועה הייתה מיסודה בתורת גזע מבישה ששמה לה את הקולקטיב היהודי כעליון על פני שאר העמים, כראשון בהיררכיה מדומיינת".[53]
בעקבות אמירותיו ב-5 במרץ 2023 פסקה ועדת האתיקה להרחיק את חבר הכנסת עופר כסיף מוועדות הכנסת עד תום מושב הקיץ.[54][55]
ב-10 באוקטובר 2023 התראיין כסיף לערוץ תקשורת אמריקני, סביב מתקפת הפתע של חמאס על ישראל ומלחמת חרבות ברזל שפרצה בעקבותיה. הוא התבטא נגד מתקפת הפתע של ארגוני הטרור, ואמר כי מדינת ישראל מנצלת את האלימות הפלסטינית כתירוץ לתקיפה בעזה ולפשעים שהיא מבצעת בעם הפלסטיני והיא שרצתה באלימות הזאת.[57] בתגובה לדבריו חבר הכנסת אלמוג כהן הגיש קובלנה נגדו לוועדת האתיקה,[58] שהחליטה להרחיק את כסיף מפעילות בכנסת לחודש וחצי ולשלול ממנו שכר של שבועיים.[59]
^כחלק מגישתו זו כתב ב-2003, "כמובן שכל השוואה בין מדיניות ההשמדה הנאצית למדיניות הישראלית בשטחים תהווה זילות של השואה. אך שלטון הכיבוש בגדה, ברצועה ובמזרח ירושלים, שלילת זכויותיהם של הפלסטינים שם, ההתעמרות, ההתנחלויות, שדידת האדמות, ההרס, העוצרים והסגרים, ההרג והזלזול בחיי האדם – כולם על בסיס אתני-לאומי – ראויים גם ראויים להשוואה לפשעי הנאצים שבוצעו לפני ההשמדה" - כאן