עיר קדושה הוא כינוי לעיר בעלת ערך מרכזי באמונה של דת כלשהי. הקדושה המיוחסת לעיר יכולה לנבוע מסיבות שונות: אירועים מרכזיים שהתרחשו בעיר, היותה מקום הולדתו או פעילותו של מנהיג רוחני, משאבי טבע המחזיקים על פי האמונה בסגולות כלשהן ועוד. בעיר כזו קיים בדרך כלל מרכז רוחני המהווה מוקד משיכה למאמינים רבים, המגיעים אליה בעיקר בחגים ואירועים דתיים. בין המרכזים הרוחניים בערי הקודש ניתן למצוא מבני תפילה, מרכזים חינוכיים, קברים קדושים, מקומות מגורים של מנהיגי הדת, ומשרדי ההנהלה של ארגונים דתיים.
ערים קדושות התקיימו גם בעת העתיקה, למשל העיר ניפור במסופוטמיה, שהייתה מרכז פולחן לאל אנליל - אל הרוח, האוויר והסער במיתולוגיה השומרית. העיר כותה במסופוטמיה, שהייתה מרכז פולחן לאל נרגל, העיר ארינה באנטוליה עיר קדושה של החתים שהייתה מרכז הפולחן לאלת השמש של ארינה.
להלן רשימת חלקית של ערים קדושות מרכזיות, על פי אזורים גאוגרפיים: