פוארטו ריקו השתתפה לראשונה במשחקים הפאראלימפיים בסיאול (1988) ומשתתפת במשחקי הקיץ הפאראלימפיים מאז בקביעות. במשחקי החורף השתתפה פוארטו ריקו לראשונה במשחקים הפאראלימפיים בייג'ינג (2022).
המשלחת הפוארטו ריקנית הראשונה למשחקים הפאראלימפיים כללה 12 ספורטאים שהתחרו במקצועות הקליעה, האתלטיקה, חץ וקשת וטניס השולחן. במשלחת הצטיינה איזבל בוסטמנטה כשקטפה מדליית זהב פאראלימפיות, בהדיפת כדור ברזל (עם שיא עולם של 4.80 מטרים)[1], ושתי מדליות כסף, בזריקת דיסקוס והטלת כידון (בקטגוריה B1). פוארטו ריקו נאלצה לחכות עד המשחקים הפאראלימפיים סידני (2000) בטרם זכתה במדליה פאראלימפית נוספת, כשאלקסיס פיזארו זכה במדליית הארד בהדיפת כדור ברזל (בקטגוריה F57).