התחבורה בירושלים מורכבת במיוחד בשל הטופוגרפיה ההררית של העיר, צפיפות הבנייה בחלקים הישנים של העיר וכמות האוכלוסייה הרבה. התחבורה העירונית מושתתת על אוטובוסים עירוניים, מוניות וכלי רכב פרטיים. ב-2011 נפתח קו ראשון של רכבת קלה כחלק ראשון ממערכת תחבורה ציבורית גדולה ומקיפה בירושלים, שהפכה לכלי תחבורה מרכזי באזור מרכז העיר וכן צפויים להיפתח עוד כ-6 קווים נוספים.
הגישה לירושלים עצמה מסובכת גם כן בשל מעברם של הדרכים בתוואי הררי, ולכן ישנו קושי בסלילת כבישים חדשים והרחבת כבישים קיימים לירושלים.
בתקופות עבר, בהן שכנה העיר בתוך תחומי העיר העתיקה הייתה הכניסה המרכזית לעיר מצפון, דרך שער שכם, שהיה השער לבאים מצפון (דרך האבות - כביש 60) וממערב (מעלה בית חורון - כביש 443). בעקבות היציאה מן החומות והתחלת בניית שכונות חדשות ממערב לעיר העתיקה באזור רחוב יפו, כמו גם סלילתה מחדש של הדרך העתיקה אמאוס (שער הגיא) - ירושלים (כביש 1) במחצית השנייה של המאה ה־19, החליף שער יפו את שער שכם בשירות התנועה מירושלים מערבה לעבר השפלה, כמו גם לכיוון דרום (בית לחם וחברון, (דרך חברון)). בעקבות סלילת הדרכים החלה הנסיעה בעגלות ודיליג'נסים להחליף את הרכיבה על בעלי חיים, שהייתה עד אז הדרך היחידה שבה ניתן היה להגיע לירושלים בהיעדר דרכים סלולות.
בשלהי המאה ה-19 נסלל קו רכבת מיפו דרך לוד לירושלים שהיה קו הרכבת הראשון במזרח התיכון, והיה סמל להתקדמותה של ירושלים.
ראשיתה של התחבורה הציבורית הפנימית בירושלים עוד בתקופת השלטון הטורקי, עם היציאה מן החומות ובניית שכונות מרוחקות מהמרכז הקדום של העיר, העיר העתיקה. התחבורה פעלה באמצעות עגלות ודיליז'אנסים שהובלו על ידי בעלי חיים, והתרכזו ברחבה שלצד שער יפו. לצד התחבורה העירונית פעלה גם תחבורה בין-עירונית (שפעלה גם כן באמצעות בעלי חיים) ליפו, שירות תחבורה שהתאפשר לאחר סלילת הדרך העוברת כיום בתוואי כביש 1 באמצע המאה ה־19, כתחליף לרכיבה על בעלי חיים שהייתה אמצעי התחבורה האפשרי היחיד קודם לכן. פתיחת מסילת הרכבת יפו–ירושלים ב־1892 הנחילה מכה קשה לשירות התחבורה מובל בעלי החיים הבין-עירוני, אך פתחה מוקד נסיעות חדש לתחבורה העירונית, בשל המרחק בין תחנת הרכבת, העיר העתיקה, והשכונות החדשות. כבר בתקופה זו עלה רעיון לבניית רכבת קלה (שכונתה אז בעיתונות 'עגלה עלקטרית') בעיר העתיקה, אך הרעיון לא הבשיל לכדי ביצוע.
לאחר כיבושה של ירושלים במלחמת העולם הראשונה נסללה מסילה לרכבת קלה שהונעה בקטר קיטור שהתחברה למסילת יפו - ירושלים, והמשיכה לאזור רמאללה, במטרה לסייע לאספקה עבור הכוחות הלוחמים הבריטיים שהתקדמותם נעצרה מספר חודשים בקו שתי העוג'ות מצפון לירושלים. הרכבת הושבתה כעבור זמן קצר עם ההתקדמות המהירה של הכוחות הבריטים לכיוון צפון בסתיו 1918, והתרחקותם מהמסילה, והמסילה פורקה.
התוואי ההררי ומעברו של כביש 1 באזור מגורים של אוכלוסייה ערבית הובילה לקרבות קשים במלחמת העצמאות (השגת שליטה על דרכים אחרות, כגון כביש 443 וכביש 375 הייתה קשה עוד יותר), קרבות שנערכו על מנת להשתלט על ציר זה לצורך העברת אספקה לירושלים. בסיום המלחמה נסללה דרך חלופית מדרום לכביש 1 שנקראה דרך בורמה כמעקף לקטע באזור לטרון שנשאר בשליטת הלגיון הירדני, ובכך נפתחה הדרך לירושלים. לאחר סיום מלחמת העצמאות והרחבת פרוזדור ירושלים, נסלל כביש 395 מאזור בית שמש ועד עין כרם, אך התנועה העיקרית לעיר התנהלה דרך שער הגיא.
לאחר מלחמת ששת הימים נפתחו דרכים נוספות לירושלים, כמו כביש 443 מצפון וכביש 375 מדרום.
כניסות נוספות: מכיוון ים המלח, דרך חלקו המזרחי של כביש 1 (מים המלח ומעלה אדומים) לצומת הגבעה הצרפתית או מנהרת הר הצופים; מדרום, מאזור גוש עציון דרך "כביש המנהרות" המהווה חלק מכביש 60 מכיוון גוש עציון וחברון; מצפון כביש 60 וכביש 437 מכיוון מזרח בנימין ושולי השומרון.
כניסות קטנות נוספות: שתי כניסות באזור עין כרם, כניסה דרומית מזרחית באזור שכונת הר חומה (מכיוון תקוע ונוקדים, כביש 398); דרך חברון ומעבר "רחל" לבית לחם; מעבר קלנדיה בסמוך לקצה הצפוני של ירושלים בעטרות.
כביש 16 הוא כביש שמשרת את הבאים לכיוון דרום העיר מכביש ירושלים תל אביב ומתחיל במחלף מוצא עד למחלף גבעת מרדכי שבדרך בגין. במסגרת הקמת הכביש הוקמו כ-2 מחלפים חדשים, מחלף נחל רבידה, מחלף בייט, 2 מנהרות כביש וגשר[1]. הכביש נפתח באוגוסט 2022[2].
התחבורה הציבורית בירושלים מושתתת על קווי אוטובוסים עירוניים, כ-45% מתושבי ירושלים משתמשים באוטובוסים העירוניים.
האוטובוסים בירושלים הופעלו בעבר על ידי חברת המקשר עד למלחמת ששת הימים, אז התמזגה החברה עם אגד. במזרח העיר פועלים מספר חברות אוטובוסים המשרתות את תושבי מזרח ירושלים והכפרים הערביים שסביבה.
עד שנת 2004 שררה אנדרלמוסיה בשירות התחבורה הציבורית בשכונות הערביות במזרח העיר. עשרות חברות פרטיות ומשפחתיות הפעילו קווים בלתי סדירים או סדרים למחצה, בלא פיקוח נאות ובכלי רכב מיושנים. בשנת 2004 הגדירו עיריית ירושלים, משרד התחבורה ותוכנית אב לתחבורה ירושלים פרויקט לאיחוד החברות לחברה מאוחדת ובה חמש חברות-בנות, המופעלות לפי זיכיון. יחד עם נציגי האוכלוסייה תוכננו ונקבעו מסלולים קבועים. החברה מפעילה צי של מיניבוסים מתוצרת מרצדס, שנרכשו בסיוע משרד התחבורה. המיניבוסים צבועים באופן אחיד בתבנית פסים ירוק-לבן (לקווים פנים-עירוניים) או כחול-לבן (לקווים כפריים/פריפריאליים) ונקראים בעגה המקומית "זברות" או "אוטובוסים ערביים". המחירים מסובסדים ונקבעים לפי חוק[6].
מרכז ההפעלה הוא התחנה המרכזית של מזרח ירושלים שלה שני מסופים סמוכים: האחד ברחוב סולטאן סולימאן, ממזרח לגן הקבר, בין שער שכם ושער הפרחים, המשמש בעיקר את התחבורה הבין-עירונית, והשני בדרך שכם ממערב לגן הקבר מיועד לתחבורה העירונית.
הנגישות לעיר העתיקה והכותל המערבי היא אולי הקשה ביותר מכל ירושלים בשל מיעוט הכבישים באזור ומסה כבדה של כלי רכב המבקשים להגיע למקום. הפועל יוצא הוא כי האזור שמסביב לעיר העתיקה פקוק כמעט תמיד וישנו צורך למציאת פתרון תחבורתי למבקשים להגיע.
כך נוצר לראשונה הרעיון של הקמת רכבל ראשון מסוגו בירושלים שישמש גם ככלי תחבורתי וגם תוספת אטרקציה תיירותית לירושלים.
הקמת הרכבל נמצאת בשלבי תכנון ואישור מתקדמים. מסלולו יחל באזור תחנת הרכבת הישנה לכותל ומשם יעלה לאזור מלון שבע הקשתות שבראש הר הזיתים לנקודת תצפית שתהיה בו על מרכז ירושלים והעיר העתיקה. ביוני 2019 אושר הפרויקט.
כבר בתחילת שנות ה-90 העלו בעירייה את רעיון הרכבת הקלה כפתרון לעומסים בירושלים. ראש העיר אהוד אולמרט הקים את צוות תוכנית האב לתחבורה בירושלים שירכז את כל התכנון התחבורתי בירושלים.
בשנת 2000 החלה הקמת הקו האדום של הרכבת הקלה בירושלים כשעבודות התשתית נעשות על ידי החברה העירונית מוריה והצבת המסילות על ידי המפעיל, סיטיפס. באוגוסט 2011 החלו נסיעות המבחן של הקו, ובדצמבר באותה שנה נכנסה הרכבת לפעולה מלאה. בשנת 2015 החלה העירייה על ידי מוריה בהכנת התשתית להרחבת הקו האדום, כשסיטיפס אמורה להציב מסילות. סיטיפס לא הייתה מעוניינת בהקמת המסילות, ומשרד התחבורה הוציא את המערכת למכרז, בו זכתה חברת כפיר, שהחליפה את סיטיפס כמפעילת הרכבת באפריל 2021.
קוווי הרכבת הקלה המתכוננים להתווסף לקו האדום הנוכחי הם:
קו הרכבת הראשון במזרח התיכון הוא קו הרכבת יפו-ירושלים, קו זה שימש את הבאים והיוצאים מירושלים בין השנים 1892 עד 1998 (למעט הפסקה קצרה בזמן ומעט אחרי מלחמת העצמות) ומ 2005 עד 2020 עקב מגפת הקורונה, שלאחריה הוחלט שלא להחזיר את הקו לפעילות סדירה עקב חוסר כדאיות כלכלית, בנוסף למגפה גם זמן הנסיעה הארוך (קרוב לשעתיים) תרמו לכך שהקו יחדל מלפעול.
בעבר הרכבות לירושלים היו מגיעות עד לתחנת החאן הישנה בירושלים. ב-2005 שופץ הקו, הוקמה תחנת מלחה כתחנת קצה למסילה בגלל רצון עיירית ירושלים להפוך את שטח תתחת ירושלים ההיסטורית לשטח נדל״ן, ושודרגה תחנת גן החיות התנכ״י (שנפתחה ב 1996). אך גם לאחר שיפוץ הקו היו מעט נוסעים בקו בגלל זמן הנסיעה הארוך, פיתולי המסילה וזמני החלפה ארוכים במיוחד בתחנת ההחלפה (בית שמש, קרוב לשעה המתנה) בשנים שקו תל אביב—ירושלים היה מפוצל. ב 2018 שנפתח הקו המהיר (כ–30 דקות בקו החדש מול שעתיים בקו הישן) ירדה בצורה חדה כמות הנוסעים בקו זה (שמעטים נסעו בו גם לפני פתיחת הקו החדש) במרץ 2020 נסגרו כל תחנות הרכבת בישראל עקב התפשטות מגפת הקורונה, שנפתחו לאחר הסגר לא נפתחו מחדש תחנות מלחה וגן החיות. נכון ל–2024 הקו מסתיים בבית שמש ולא ממשיך לתוך ירושלים.
בשנת 2005 החלה בנייתו של קו הרכבת המהיר לירושלים שעובר בסמוך למודיעין ומשם במנהרה מתחת להרי ירושלים, ועד לתחנת יצחק נבון הסמוכה לבנייני האומה.
בנובמבר 2016 אישרו משרד התחבורה ורכבת ישראל בשיתוף עיריית ירושלים תוכנית להארכת קו הרכבת מתחנת נבון ועד לתחנת הכותל המערבי[7]. על פי התכנון יבוצעו עבודות להארכת הקו לאורך רחוב יפו במפלס תת-קרקעי עד לממילא, שעל יד העיר העתיקה, ומשם ימשיך תוואי הקו כשהוא ממשיך באופן תת-קרקעי לכיוון הכותל המערבי באחת מ 2 חלופות, האחת היא: המשך הקו לאורך חומות העיר העתיקה ומחוצה לה, עד לשער האשפות, שם תוקם תחנת הכותל, ואילו החלופה השנייה מציעה: כניסה אל תוך העיר העתיקה מאזור מגדל דוד מערבה תחת הרובע היהודי, לכיוון רחבת הכותל.
התוכנית להארכת הקו, מצריכה כריית מנהרה באורך של למעלה מ-3 קילומטרים, כאשר לפי המתוכנן, הכרייה תעשה מכיוון העיר העתיקה לכיוון תחנת נבון וזאת כדי לא להפריע לפעילות השוטפת בתחנת נבון.
נכון לשנת-2023 הרכבת הכבדה לא תגיע לכותל עקב חשש מפגיעה בחומות ובעיר העתיקה,
לפי התוכנית תוקם בנוסף גם תחנת רכבת תת-קרקעית על שטח תחנת הרכבת ההיסטורית וגם תחנת ירושלים מרכז, באזור הצטלבות הרחובות יפו והמלך ג'ורג'. מיקום התחנה באזור זה, יאפשר למשתמשים בה, נגישות למסלול הקו האדום הקיים והקו הכחול המתוכנן של הרכבת הקלה בירושלים ולהמשיך בנסיעה כמעט לכל נקודה מרכזית בעיר. התחנות המתוכננות וכן המסילה יבנו בעומק של כ-50 מטרים מתחת לפני הקרקע. עלות הפרויקט מוערכת בכ-2 מיליארד שקל.
הקו, שנפתח חלקית ב-25 בספטמבר 2018, מפעיל רכבות מתחנת הרכבת ירושלים – יצחק נבון לתחנת הרכבת הרצליה, וקו מתחנת יצחק נבון לתחנות מודעין.
לאחר כיבוש ירושלים בידי הבריטים ב-1918, פעלו השלטונות הבריטיים להקים נמל תעופה בעיר. לאחר שתושבי תלפיות התנגדו להקמת השדה בסמוך למחנה אלנבי, בחרו הבריטים ב-1924 להקים שדה תעופה ליד קלנדיה. השדה נועד לשרת את חיל האוויר המלכותי, שהופקד על הביטחון במנדט. באוקטובר 1937 החליטה ממשלת המנדט להרחיב את שדה התעופה ולהפעיל בו גם טיסות אזרחיות. באותה עת החלה לפעול חברת התעופה העברית הראשונה בארץ ישראל, נתיבי אוויר ארץ ישראל, שהפעילה קו תעופה סדיר בין לוד וחיפה, ושאפה להקים קו בין ירושלים וחיפה. אולם עקב פריצת מלחמת העולם השנייה ב-1939 אסרו הבריטים על קיום טיסות אזרחיות בשמי הארץ, והתעבורה האווירית לנמל נפסקה.
במהלך מלחמת העצמאות הוכשרו בירושלים מספר שדות תעופה צבאים, בהם מנחת עמק המצלבה ומנחת גבעת שאול.
בשנות השלטון הירדני במזרח ירושלים בנו הירדנים מחדש את שדה התעופה עטרות. לשיא פעילותו הגיע שדה התעופה במחצית שנות ה-60 של המאה ה-20, עת החלה תיירות חוץ מאירופה ומארצות ערב להגיע למזרח ירושלים ולסביבתה, ועברו בו כמאה אלף נוסעים בשנה. במערב העיר התקיימו במהלך תקופה זו מנחת גבעת שאול, ששימש את חיל האוויר למטוסי תצפית בעת עליית השיירה החודשית להר הצופים. בנוסף, הוקצה שטח בשכונת בית הכרם להקמת נמל תעופה[8].
לאחר כיבוש ירושלים בידי ישראל במלחמת ששת הימים ניסתה ישראל לחדש את הטיסות משדה התעופה עטרות, אך עקב ההתנגדות בקהילה הבינלאומית להכרה בשלטון ישראל על מזרח ירושלים, לא פעלו טיסות לשדה, ורוב פעילותו הייתה פנים-ארצית. מאז פרוץ האינתיפאדה השנייה בשנת 2000 הוחלט להפסיק את הטיסות לשדה תעופה זה בעקבות החשש ליירוט המטוסים מהכפרים הערבים הסמוכים. ומאז לא מתקיימות טיסות אליו וממנו ובמקום שוכן כיום בסיס מג"ב.
בשנת 1968 הוקם צוות תוכנית אב לתחבורה ליד עיריית ירושלים, שנועד לספק מידע אנליסטי למקבלי ההחלטות, לחזות מגמות עתידיות על בסיס נתונים אלה ולספק פתרונות אפשריים בתחומי התחבורה, הנגישות, המינוע ושיפור חזות העיר הפרושה על פני שטח נרחב, בעייתי מבחינה טופוגרפית, ללא רשת דרכים הולמת ובעלת מערכת תחבורה ציבורית בלתי אמינה ומיושנת ועם זאת - עיר בירה. הצוות נעזר במשרד בעל מומחיות עולמית בתחום, Jack Leisch & associates והחל מ-1975 הוכוון התכנון התחבורתי בעיר על פי תוכנית זו. עיקר התוכנית יצירת עורקי תחבורה (צירים, בראשם כביש בגין) וסלילת כביש טבעת[9].
במהלך השנים הוביל הצוות, תחת הנחיה משולבת של עיריית ירושלים ומשרד התחבורה, את תוכנית האב לחנייה, תוכנית האב להסדרי תנועה ולהפרדות מפלסיות ותוכנית אב להסדרת התחבורה הציבורית במזרח ירושלים.
שיאה של פעילות הצוות, שצורף בראשית שנות התשעים לעמותה לתכנון פיתוח ושימור אורבני - ירושלים, הוא פיתוח תפיסה מתקדמת של תחבורה ציבורית המבוססת על רכבת קלה ורשת קווי אוטובוס עורקיים, משלימים ומזינים, קצרים וישרים יחסית, שיחליפו את הקווים הארוכים והמפותלים שהתפתחו בעיר במהלך השנים, ללא ראייה כוללת של הצרכים. הצוות מרכז אנשי מקצוע, נציגי חברות תחבורה ונציגי ציבור ליצירת מרקם משולב של תחבורה ציבורית, כולל מסופי תחבורה ציבורית בתחנה המרכזית, תחנת הרכבת מלחה, הר הרצל והר חוצבים, נתיבים לתחבורה ציבורית (נת"צ) והסדרה של התחבורה הציבורית במזרח ירושלים.
למרות שאחד התפקידים המרכזיים של הצוות הוא לתווך את השינויים הרבים המתרחשים בימים אלה(2024) בירושלים לתושבי הבירה, הפוסט האחרון של הצוות בפייסבוק הוא משנת 2022 וגם האתר של הצוות עודכן רק לפני חודשים רבים. יתרה מזו הצוות, בניגוד לנת"ע בתל אביב, לא מעדכן באופן שוטף על אבני דרך בהקמת רשת הרכבת הקלה ולא מציין את הסיבות לעיכובים הרבים, שהשיא שלהם הוא בעיכוב פתיחת הארכת הקו האדום להדסה עין כרם. מעמדו של הצוות לא ברור מבחינת הציבור ונוח לו להסתתר מאחורי עיריית ירושלים ומשרד התחבורה.
במערכות התחבורה בירושלים אירעו מספר פיגועים קשים במהלך השנים, מרביתם בתקופת האינתיפאדה השנייה.