आण्विक जातिवृत्तिकी (Molecular phylogenetics) जातिवृत्ति की वह शाखा है जो किसी जीव के विकासवादी सम्बन्धों के बारे में जानकारी प्राप्त करने के लिए आनुवंशिक, वंशानुगत आणविक अन्तरों (मुख्यतः डीएनए अनुक्रमों में) का विश्लेषण करती है। इन विश्लेषणों के आधार पर उन प्रक्रियाओं को निर्धारित करना सम्भव है जिनके द्वारा प्रजातियों के बीच विविधता उत्पन्न हुई है। आणविक जातिवृत्तीय विश्लेषण का परिणाम एक जातिवृत्तीय वृक्ष के रूप में व्यक्त किया जाता है। आणविक जातिवृत्तिकी, आणविक सिस्टेमैटिक्स का एक भाग है।[1] [2] [3]