पूर्वी तिमोर की अधिकांश आबादी कैथोलिक है, और कैथोलिक चर्च प्रमुख धार्मिक संस्थान है, हालांकि यह औपचारिक रूप से राज्य धर्म नहीं है। छोटे प्रोटेस्टेंट और सुन्नी मुस्लिम समुदाय भी हैं। पूर्वी तिमोर का संविधान धर्म की स्वतंत्रता की रक्षा करता है, और देश में कैथोलिक, प्रोटेस्टेंट और मुस्लिम समुदायों के प्रतिनिधि आम तौर पर अच्छे संबंधों की रिपोर्ट करते हैं, हालांकि समुदाय समूहों के सदस्य कभी-कभी नौकरशाही बाधाओं का सामना करते हैं, विशेषकर शादी और जन्म प्रमाण पत्र प्राप्त करने के संबंध में।[1]
विश्व बैंक की 2005 की एक रिपोर्ट के अनुसार, 98 प्रतिशत जनसंख्या कैथोलिक, 1 प्रतिशत प्रोटेस्टेंट और 1 प्रतिशत से कम मुस्लिम है। अधिकांश नागरिक कुछ वैचारिक मान्यताओं और प्रथाओं का पालन करते हैं, जिन्हें वे धार्मिक से अधिक सांस्कृतिक मानते हैं। चर्चों की संख्या 1974 में 100 से बढ़कर 1994 में 800 से अधिक हो गई है,[2] चर्च की सदस्यता के साथ इंडोनेशिया के राज्य की विचारधारा के रूप में पंचशील के तहत बड़े पैमाने पर विकास हुआ है, सभी नागरिकों को एक ईश्वर में विश्वास करने की आवश्यकता है । ईस्ट तिमोरिस के एनिमिस्ट विश्वास प्रणाली इंडोनेशिया के संवैधानिक एकेश्वरवाद के साथ फिट नहीं थे, जिसके परिणामस्वरूप ईसाई धर्म के लिए बड़े पैमाने पर रूपांतरण हुए। पुर्तगाली पादरियों को इंडोनेशियाई पुजारियों के साथ बदल दिया गया और लैटिन और पुर्तगाली लोगों का स्थान इंडोनेशियाई लोगों ने ले लिया। आक्रमण से पहले, पूर्वी तिमोरिस का केवल 20 प्रतिशत रोमन कैथोलिक थे, और 1980 तक 95 प्रतिशत कैथोलिक के रूप में पंजीकृत थे। 90 प्रतिशत से अधिक कैथोलिक आबादी के साथ, पूर्वी तिमोर वर्तमान में दुनिया के सबसे घनी कैथोलिक देशों में से एक है। सितंबर 1999 के बाद प्रोटेस्टेंट और मुसलमानों की संख्या में काफी गिरावट आई क्योंकि इन समूहों को इंडोनेशिया के साथ एकीकरण के समर्थकों के बीच असमान रूप से प्रतिनिधित्व किया गया था और इंडोनेशिया के अन्य हिस्सों से प्रांत में काम करने के लिए सौंपे गए इंडोनेशियाई सिविल सेवकों में से, जिनमें से कई ने 1999 में देश छोड़ दिया था। पूर्व में देश में तैनात इंडोनेशियाई सैन्य बलों में काफी संख्या में प्रोटेस्टेंट शामिल थे, जिन्होंने इस क्षेत्र में प्रोटेस्टेंट चर्च स्थापित करने में प्रमुख भूमिका निभाई थी। सितंबर 1999 के बाद उनमें से आधे से भी कम लोग मौजूद थे, और कई प्रोटेस्टेंट पश्चिम तिमोर में रहने वालों में से थे। परमेश्वर की सभाएँ प्रोटेस्टेंट संप्रदायों की सबसे बड़ी और सबसे सक्रिय हैं।[3][3][4]