शंकर वरियार (1500 - 1560 ई) भारत के केरलीय गणित सम्प्रदाय के ज्योतिषी एवं गणितज्ञ थे। उनका परिवार आधुनिक ओट्टापालम के निकट त्रिकुटवेलि के शिव मन्दिर में कार्यरत थे।
शंकर वरियार को मुख्यतः नीलकण्ठ सोमयाजि तथा ज्येष्ठदेव से गणित की शिक्षा मिली। शंकर के अन्य शिक्षक थे- नेत्रनारायण (नीलकण्ठ सोमयाजिन के संरक्षक) तथा चित्रभानु।
शंकर वरियार की ज्ञात कृतियाँ निम्नलिखित हैं-
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