सूक्ष्मजैविक पारिस्थितिकी सूक्ष्मजैविकी की एक शाखा है जिसमें सूक्ष्मजीवों के आपसी सबंधों एवं उनके वातावरण से सबंधों का अध्ययन किया जाता है। इसमें मुख्यतः जीवाणु, आर्किया एवं यूबैक्टरीया के साथ-साथ विषाणु का भी अध्ययन किया जाता है। सूक्ष्मजीव प्रायः सर्वत्र पाये जाते है ये पृथ्वी पर मिट्टी में, अम्लीय गर्म जल-धाराओं में, नाभिकीय पदार्थों में[1], जल में, भू-पपड़ी में, यहां तक की कार्बनिक पदार्थों में तथा पौधौं एवं जन्तुओं के शरीर के भीतर भी पाये जाते हैं
{{cite journal}}: Check date values in: |access-date= (help); Explicit use of et al. in: |author= (help)CS1 maint: multiple names: authors list (link)