Neven Budak rodio se u Zagrebu gdje je završio osnovnu i srednju školu. Sin je književnika Pere Budaka.[1][2] Diplomirao je povijest na Filozofskom fakultetu u Zagrebu 1979. godine.[3] Četiri mjeseca radio je kao gimnazijski profesor, a zatim se zapošljava na Odsjeku za povijest Filozofskog fakulteta u Zagrebu 1980. gdje radi i danas. Doktorirao je 1991. Od 1995. do 2002. održava nastavu iz urbane povijesti na Srednjoeuropskom sveučilištu u Budimpešti. Od 2000. do 2004. godine bio je dekan Filozofskog fakulteta.[4] Od 1999. predsjednik Hrvatskog nacionalnog odbora za povijesne znanosti.
Predsjednik 12. VladeZoran Milanović imenovao ga je 16. siječnja2012. godine posebnim savjetnikom predsjednika Vlade za znanost u Uredu predsjednika Vlade Republike Hrvatske. Na toj je poziciji bio zadužen za izradu i provedbu Strategije obrazovanja, znanosti i tehnologije.[5]
Prije pada komunizma i demokratskih promjena obavljao je funkciju sekretara Saveza komunista Hrvatske na Filozofskom fakultetu u Zagrebu.[7][8] Pripadao je skupini unutar Zagrebačkog sveučilišta koja je negodovala kada je za rektora sveučilišta bio odabran Tomislav Ivančić, profesor na Katoličkom-bogoslovnom fakultetu, smatravši da se odabirom osobe s KBF-a za rektora sveučilište stavlja pod utjecaj Katoličke crkve i gubi svoju autonomnost.[9][10]