Rijeke u Estoniji su kratke i uglavnom imaju nizak prosječni istjek. Samo 10 rijeka je duže od 100 km. Najveća rijeka je Narva (dužina 77 km) na estonsko-ruskoj granici, čiji je prosječni istjek veći od svih drugih rijeka zajedno.
| Ime | Dužina (km) | Porječje (km2) | |
|---|---|---|---|
| 1. | Võhandu | 162 | 1,420 |
| 2. | Pärnu | 144 | 6,920 |
| 3. | Põltsamaa | 135 | 1,310 |
| 4. | Pedja | 122 | 2,710 |
| 5. | Keila | 116 | 682 |
| 6. | Kasari | 112 | 3,210 |
| 7. | Piusa | 109 | 796 |
| 8. | Pirita | 105 | 799 |
| 9. | Emajõgi | 101 | 9,740 |
| 10. | Navesti | 100 | 3,000 |