A 2006-os MTV Video Music Awards díjátadója 2006. augusztus 31-én került megrendezésre, és a legjobb, 2005. július 1-től 2006. június 26-ig készült klipeket díjazta. A díjakat a New York-i Radio City Music Hall-ban adták át, az est házigazdája Jack Black volt.
2006. volt az első év, amikor a nézők minden előadói kategóriában szavazhattak (Év videója, Legjobb férfi, női és csapatvideó; valamint minden műfaji kategória). Ahogy a korábbi évek során, a szakmai kategóriák (Legjobb rendezés, koreográfia stb.) sorsáról 2006-ban is szakértők döntöttek. 2006-ban megszüntették a Legnagyobb áttörés kategóriát.
A legtöbbször jelölt előadók (hét jelölés) Shakira és a Red Hot Chili Peppers voltak.
A győztesek félkövérrel vannak jelölve.
Panic at the Disco — I Write Sins Not Tragedies
James Blunt — You're Beautiful
Kelly Clarkson — Because of You
The All-American Rejects — Move Along
Avenged Sevenfold — Bat Country
Pink — Stupid Girls
AFI — Miss Murder
Beyoncé (közreműködik Slim Thug és Bun B) — Check on It
Chamillionaire (közreműködik Krayzie Bone) — Ridin'
The Black Eyed Peas — My Humps
Pussycat Dolls (közreműködik Snoop Dogg) — Buttons
Gnarls Barkley — Crazy (Rendezés: Robert Hales)
Shakira (közreműködik Wyclef Jean) — Hips Don't Lie (Koreográfus: Shakira)
Missy Elliott — We Run This (Speciális effektek: Louis Mackall és Tonia Wallander)
Red Hot Chili Peppers — Dani California (Művészi rendezés: Justin Dragonis)
Gnarls Barkley — Crazy (Vágó: Ken Mowe)
James Blunt — You're Beautiful (Operatőr: Robbie Ryan)
Marc Eckō's Getting Up: Contents Under Pressure (Atari)
The Elder Scrolls IV: Oblivion (zeneszerző: Jeremy Soule)
Fort Minor (közreműködik Holly Brook) —Where'd You Go
Thirty Seconds to Mars — The Kill
Fall Out Boy — Dance, Dance (38%)
Hype Williams