ChEMBL

A ChEMBL vagy ChEMBLdb egy kézzel karban tartott, a bioaktív, gyógyszerszerű molekulákat felölelő kémiai adatbázis.[1] Karbantartásáról az Egyesült Királyságban, Hinxtonban a Wellcome Trust Genome Campusban az Európai Molekuláris Biológiai Laboratóriumhoz tartozó Európai Bioinformatikai Intézet foglalkozik.

Az eredetileg StARlite néven ismert adatbázist egy Inpharmatica Ltd kezdte el fejleszteni, amit felvásárolt a Galapagos NV. Az adatbázist az EMBL a The Wellcome Trust finanszírozásával szerezte meg 2009-ben.[2] így az EMBL.EBI keretei között létrejött a ChEMBL csoport, amit John Overington vezetett.[3][4]

Fókusz és elérhetőség

[szerkesztés]

A ChEMBL gyógyszer hatóanyagok bioaktivitási adatait tartalmazza. A bioaktivitást Ki, Kd, IC50, és EC50 szerint jelzik.[5] Az adatokat lehet szűrni és elemezni, hogy átkutassák vele a könyvtárakat az adott anyaggal kapcsolatban, mikor egy gyógyszert fejlesztenek ki.[6]

A ChEMBL 2. verzióját (ChEMBL_02) 2010. januárban adták ki, melyben 2,4 millió biológiai teszt eredménye található 622.824 komponensnek, köztük 24.000 természetes terméknek. Ezeket a megfigyeléseket 12 orvosi szaklapban megjelent mintegy 34.000 publikáció minősítése közben gyűjtötték össze. A ChEMBL olyan mértékben dolgozza fel az elérhető bioaktivitási adatokat,hogy ez lett „a legteljesebb, valaha látott nyilvános adatbázis.”[3] 2010. októberben a ChEMBL 8. verziója (ChEMBL_08) jelent meg, melyben 636.269 hatóanyag több mint 2,97 millió biológiai teszteredménye szerepelt.[7]

A ChEMBL_10-ben megjelentek a PubChem által jóváhagyott vizsgálatok is, hogy integráltan jelenjenek meg az adatok, és összehasonlíthatóak legyenek a ChEMBL adatbázisában addig tároltakkal.[8]

A ChEMBLdb internetes interface-en keresztül érhető el vagy letölthető File Transfer Protocolon keresztül. Úgy van megszerkesztve, hogy az adatbányászat során könnyen kezelhető legyen, és megpróbálják standardizálni a különféle kiadványok között a tevékenységeket, hogy összehasonlítható elemzések születhessenek.[1] A ChEMBL be van integrálva más nagy kémiai forrásokba is, mint a PubChem vagy a Royal Society of Chemistry ChemSpider rendszere.

Kapcsolódó források

[szerkesztés]

Az adatbázis mellett a ChEMBL csoportja az adatbázis bányászathoz használható eszközöket és forrásokat is kifejlesztett.[9] Ezek egyike a Kinase SARfari, egy integrált kemogenomikus munkarész, mely a kinázokra fókuszál. A rendszerbe be van integrálva és hivatkozásként felhasznál szekvenciális, strukturális, elemi adatokat is.

A GPCR SARfari is egy hasonló rendszer, melynek központjában a GPCR.ek állnak. A ChEMBL-Neglected Tropical Diseases (ChEMBL-NTD) pedig egy olyan nyílt hozzáférésű rendszer, melyen keresztül orvoskémiai adatok, szűrések érhetőek el, melyek az endemikus, afrikai amerikai, ázsiai trópusi betegségekkel foglalkoznak. A ChEMBL-NTD elsődleges célja, hogy egy szabadon hozzáférhető, időtálló archívum legyen, és ez legyen az itt tárolt adatok legfőbb elosztó központja.[3]

2012. júliusban jelent meg egy új malária adatközpont Archiválva 2016. július 30-i dátummal a Wayback Machine-ben, melyet a Medicines for Malaria Venture (MMV) támogatott, mely a Föld több pontján is támogatta a kutatókat. Itt olyan adatokat tárolnak, melyek forrása a Malaria Box szűrőcsomag, valamint a ChEMBL-NTD adatbázisában megtalálható, támogatott tartalmak.

A myChEMBL, a ChEMBL virtuális gépe 2013. októberben indult el, hogy a felhasználóknak hozzáférésük legyen egy ingyenes és teljes, könnyen telepíthető kémiainformatikai infrastruktúrához.

2013. decemberben a SureChem szabadalmi informatikai adatbázis átkerült a EMBL-EBI-be. Ennek hatására a SureChem-et átnevezték, új neve SureChEMBL lett.

2014-ben új forrást vezettek be,[10] ami egy olyan eszköz, mely előrejelzi és összehasonlítja a különféle fajok közötti ADME célokat.[11]

Lásd még

[szerkesztés]

Jegyzetek

[szerkesztés]
  1. ↑ a b Gaulton, A (2011). „ChEMBL: a large-scale bioactivity database for drug discovery”. Nucleic Acids Research 40 (Database issue), D1100-7. o. DOI:10.1093/nar/gkr777. PMID 21948594. PMC 3245175. 
  2. ↑ „Open access drug discovery database launches with half a million compounds | Wellcome”, wellcome.ac.uk, 2010. január 18. (Hozzáférés: 2019. augusztus 31.) 
  3. ↑ a b c Bender, A (2010). „Databases: Compound bioactivities go public”. Nature Chemical Biology 6 (5), 309. o. DOI:10.1038/nchembio.354. 
  4. ↑ Overington J (2009. április 1.). „ChEMBL. An interview with John Overington, team leader, chemogenomics at the European Bioinformatics Institute Outstation of the European Molecular Biology Laboratory (EMBL-EBI). Interview by Wendy A. Warr”. J. Comput.-Aided Mol. Des. 23 (4), 195–8. o. DOI:10.1007/s10822-009-9260-9. PMID 19194660. 
  5. ↑ Mok, N. Yi (2011. október 24.). „Mining the ChEMBL Database: An Efficient Chemoinformatics Workflow for Assembling an Ion Channel-Focused Screening Library”. J. Chem. Inf. Model. 51 (10), 2449–2454. o. DOI:10.1021/ci200260t. PMID 21978256. PMC 3200031. 
  6. ↑ Brenk, R (2008. március 1.). „Lessons learnt from assembling screening libraries for drug discovery for neglected diseases”. ChemMedChem 3 (3), 435–44. o. DOI:10.1002/cmdc.200700139. PMID 18064617. PMC 2628535. 
  7. ↑ ChEMBL-og (15 November 2010), ChEMBL_08 Released, <http://chembl.blogspot.com/2010/11/chembl08-released.html>. Hozzáférés ideje: 2010-11-15
  8. ↑ ChEMBL-og (6 June 2011), ChEMBL_10 Released, <http://chembl.blogspot.com/2011/06/chembl-10-released.html>. Hozzáférés ideje: 2011-06-09
  9. ↑ Bellis, L J (2011). „Collation and data-mining of literature bioactivity data for drug discovery.”. Biochemical Society Transactions 39 (5), 1365–1370. o. DOI:10.1042/BST0391365. PMID 21936816. 
  10. ↑ ADME SARfari
  11. ↑ Davies, M (2015). „ADME SARfari: Comparative Genomics of Drug Metabolising Systems.”. Bioinformatics 31 (10), 1695–1697. o. DOI:10.1093/bioinformatics/btv010. PMID 25964657. PMC 4426839. (Hozzáférés: 2015. január 8.) 

Külső hivatkozások

[szerkesztés]