A budapesti Állatorvosi Főiskola elvégzése után, 1897-ben került a Nemzeti Múzeum állattárához, ahol addig 2 éven át Kuthy Dezső gondozta a bogárgyűjteményt. Csiki ezen posztot 1897-től 1932-ig terjedő időszakban látta el. Személyében vérbeli koleopterológus került a gyűjtemény élére, akinek – nagynevű elődeitől, a két Frivaldszkytól eltérően – már nem kellett más gyűjteményt kezelnie, így idejét szinte kizárólagosan a bogarak kutatásának szentelhette. A segédőrből hamarosan állattári igazgatóőr, majd pedig 1924-ben múzeumi igazgató vált.
Tevékenysége nyomán a gyűjtemény példányszáma megtízszereződött, emellett elkezdte a gyűjtemény családonkénti rendezését és felállítását. Az Állattár akkori támogatása lehetővé tette, hogy kiterjedt gyűjtésekre és vásárlásokra kerüljön sor. Gyűjtések történtek a Kárpát-medence szinte valamennyi szegletében, valamint olyan egzotikus vidékeken, mint Dél-Oroszország, Szibéria, Mongólia, Kína, de mindenekelőtt Új-Guinea, ahol Bíró Lajos hat évi gyűjtőmunkája gyarapította a múzeumot. A gyűjtések mellett Csiki vásárlással is bővítette a gyűjteményt, ezek közül kiemelkedik Edmund Reitter palearktikus bogarakból álló hatalmas kollekciója. Csiki 1932-es nyugdíjba vonulásakor a gyűjtemény példányszáma meghaladta az egymilliót.
1933-ban Csiki Ernő utódaként Székessy Vilmos került a Nemzeti Múzeum bogárgyűjteményének élére.
1898-ban részt vett Zichy Jenő harmadik ázsiai expedíciójában; ennek során Szibériából, Mongóliából és Kínából gazdag gyűjteményt hozott haza. A XX. század elején Boszniában, Dalmáciában és Albániában járt gyűjtőúton. Az 1920-as években részt vett a tihanyi Biológiai Állomás megszervezésében.
BudapestII. kerületében, ahol egykor élt, a tiszteletére egy közterületet Bogár utcának neveztek el és egy emléktáblát helyeztek el Csiki Ernő emlékére. A sírja a budapesti Farkasréti temetőben található (36/1 parcella).
Adatok Kőszeg és vidéke bogárfaunájának ismeretéhez. [Beiträge zur Kenntnis der Käferfauna von Köszeg und Umgebung.] Part 1 from parts 1-2-3. 11 ss. (1941)
Adatok Kőszeg és vidéke bogárfaunájának ismeretéhez. [Beiträge zur Kenntnis der Käferfauna von Köszeg und Umgebung.] Part 2 from parts 1-2-3. 6 ss. (1941)
Adatok Kőszeg és vidéke bogárfaunájának ismeretéhez. [Beiträge zur Kenntnis der Käferfauna von Köszeg und Umgebung.] Part 3 from parts 1-2-3. 7 ss. (1941)
Ez a szócikk részben vagy egészben az Ernő Csiki című lengyel Wikipédia-szócikk fordításán alapul. Az eredeti cikk szerkesztőit annak laptörténete sorolja fel. Ez a jelzés csupán a megfogalmazás eredetét és a szerzői jogokat jelzi, nem szolgál a cikkben szereplő információk forrásmegjelöléseként.